27 diciembre 2010

22 diciembre 2010

¿Demasiado dinero para investigación?

1.
Acaba de salir la convocatoria para proyectos de investigación al Programa Nacional de Proyectos de Investigación Fundamental. Es la principal vía de financiación en este país para entidades como universidades y empresas sin ánimo de lucro y a la que concurrimos todos cuando podemos para poder investigar. La cuantía máxima destinada para esta convocatoria es de 430 M€, lo mismo que para la del año pasado. Es decir, una reducción equivalente a la inflación que haya en este año y que andará, se supone, entre un 2 y un 2,5%. Lo de la cuantía "máxima" viene con la coletilla de que se estará supeditado a que haya crédito en el momento de la concesión.
2.
El ferrocarril de alta velocidad tiene un coste variable según la topografía pero las cifras que he encontrado están entre 12 y 30 M€ por km en zonas no muy complicadas (aunque hay casos de 48 M€/km).
3.
En España se invierte en esta convocatoria de proyectos de investigación el dinero equivalente a un tramo de AVE con una longitud entre 14 y 35 km. Estaciones y máquinas aparte.

20 diciembre 2010

Que no me venga ningún funcionario...

El blog de Eduard Punset es muy influyente. Basta con ver que hay casi cuatrocientas mil personas que están apuntadas como seguidores, de ahí que deba cuidarse el mensaje. Reconozco que los posts de Punset me suelen parecer muy escurridizos; si fueran comestibles serían algo así como una gelatina de buen aspecto que promete sensaciones pero que se escurre de la cuchara cada vez que intentas pillarla para llevártela a la boca. Por supuesto que mi impresión es errónea y de ahí los tropecientos mil seguidores y los comentarios a sus posts, casi siempre entusiastas. En cambio, en su alocución de este fin de semana me he encontrado con una novedad ya que Punset dice cosas bastante rotundas.
Comienza recordando un trabajo sobre unos nemátodos cuyo comportamiento trófico cambia de solitario a social por una diferencia genética que se traduce en el cambio de un único aminoácido en una proteína (aunque no menciona explícitamente el trabajo, si quieren leer algo sobre eso en español miren aquí).
El problema viene cuando después, sin anestesia ni mayor explicación, nos suelta lo siguiente:
Que no me venga ningún funcionario, aunque sea científico, y me diga que les faltan recursos para innovar; que la culpa la tienen los recortes presupuestarios. Hacen falta muy pocos medios para transformar un gusano sociable en otro solitario; lo que se necesita es mucho más conocimiento de la textura de sus aminoácidos, de los pliegues de sus proteínas, del desarrollo de su vida celular y de su electrofisiología… Más que recursos, lo que necesitamos es más conocimiento.
Es cierto que Punset no es científico pero suponía que su contacto con ellos le habría ayudado a conocer la vida real dentro de los laboratorios. Veo que no, que se mantiene al margen y que los científicos que entrevista no le han enseñado la trastienda de su trabajo.
Lamentablemente, don Eduard parece desconocer que el conocimiento del papel de ese gen en el comportamiento del bichito no ha llegado por abducción sino tras muchos años de formación y más años de trabajo. Que el plegamiento de las proteínas no aparece en sueños y que la electrofisiología no se deduce de mirar fijamente una placa de cultivos.
También parece desconocer que esos laboratorios cuestan dinero y no sólo para montarlos, que sería fruto de un esfuerzo puntual, sino para mantenerlos. Hay que considerar sueldos, reparación y mantenimiento de aparatos, reposición de material, limpieza, seguridad, reactivos, calibraciones, formación, documentación, administración... hasta los propios gusanos, que deben cultivarse en un medio permanentemente controlado.
En fin, que creo que Punset no ha acertado en su mensaje en esta ocasión lo cual lamento porque habrá unas decenas de miles de personas que a partir de este fin de semana se quedarán con la frase "que no me venga un funcionario..." y creerán que su gurú tiene, como siempre, razón.

El gusano y su aminoácido. El presupuesto del proyecto no aparece en la figura. 
No solo es obvio que hace falta conocimiento sino que los que nos dedicamos con mayor o menor fortuna a la ciencia sabemos que estamos para eso, para generarlo en la medida de nuestras capacidades. El problema es que, por encima de la imaginación y la transpiración del investigador, los recortes presupuestarios erosionan el sistema lenta pero constantemente: recortando becas y contratos, reduciendo el gasto corriente de forma que si los reactivos se agotan en octubre tendrás aparcar tu investigación hasta febrero del siguiente año si es que puedes soportarlo, alargando los plazos de resolución de proyectos hasta que vence la anualidad... Sr. Punset, el conocimiento científico es difícil  de adquirir sin una inversión continua y segura, no sometida al capricho de decisiones políticas, ni en trayectoria errática a lo largo de los años. Es un sistema donde los que comienzan la aventura de la investigación deberían tener una mínima seguridad de que los recortes de presupuesto no van a truncar su carrera en un momento elegido desde el despacho de un analfabeto científico.

Después de esbozar el texto anterior la noche del domingo me encuentro hoy por la mañana con una entrevista a Juan Ignacio Cirac en RNE (por fin alguien que no es un político). Cirac es físico y trabaja en Alemania, en el Max-Planck, en temas relacionados con la teoría cuántica de la información.   Tienen la entrevista en el podcast (enlazado al final del post) pero se me ha quedado, sensible como estaba, una parte de la conversación donde Cirac mencionaba que los dos mayores partidos políticos de Alemania se habían puesto de acuerdo al principio de la crisis en subir anualmente, como mínimo, un 3% el presupuesto destinado a la investigación. Y aquí estamos como estamos con frases como "que no me venga ningún funcionario...".
En fin, disculpen ustedes que me enfade un poco pero da la casualidad que algunas becas que tenían que salir no lo han hecho aún, que algunas resoluciones que deberían haberse producido van con un retraso enorme por causas desconocidas, que algunas ayudas que deberían ejecutarse dentro de este año aún no han sido concedidas ni, por supuesto, transferidas. Tal vez solo los malpensados relacionamos estos acontecimientos con los recortes de presupuesto. Seguiremos esperando pero que no me pidan que no me queje.
Nota: no he sido solo yo el que ha puesto un comentario al respecto en el blog de Punset pero perdemos por goleada ante los entusiastas: 5-45 en este momento. Es una pena que el autor del blog nunca conteste a nada.

En días como hoy - Juan Ignacio Cirac aboga por la inversión en Investigación y Desarrollo

17 diciembre 2010

Libros de SIG y teledetección gratis o casi

Escribir un libro es una tarea larga y difícil por lo que no deberíamos suponer que la gente va a invertir una enorme cantidad de tiempo y esfuerzo en ello para regalarlos luego. Aún así, los nuevos métodos de autoedición permiten reducir los costes de impresión y distribución casi a cero y eliminan los márgenes comerciales de sectores intermedios. Algunos autores han aprovechado esto para, con un bonus innegable de generosidad, poner a nuestra disposición libros técnicos a un coste testimonial.
En lo que yo trabajo, sistemas de información geográfica y teledetección, hubo en el mercado unos pocos clásicos en español editados en papel editados en su mayoría en los años 90. Luego, durante una década, se editó muy poco nuevo en nuestro idioma. Hoy parece que el panorama está cambiando poco a poco. Aprovecho esta tarde viernes para ponerles cinco enlaces a libros en español que, o bien son gratuitos, o bien tienen un coste mínimo. No son muchos pero sí son buenos, que los disfruten:
Mapa de una zona de Chile realizado a partir de datos de la misión SRTM (Wikimedia) 

15 diciembre 2010

Cómo citar en los trabajos científicos

Siguiendo con la pequeña serie de posts dedicados a la bibliografía científica, comentaré hoy algunos detalles sobre las citas y referencias en artículos, tesis y demás. Son cosas que muchos encontrarán evidentes pero que nunca está de más dejar por escrito.
Como podemos ver en cualquier trabajo publicado en una revista científica, más o menos al final aparece un apartado titulado Referencias o Bibliografía donde, según el asunto tratado, pueden aparecer desde unas pocas a varias docenas de documentos. Una referencia típica sería:
Effler, S.W. (1988) Secchi disc transparency and turbidity. J. Environ. Eng., 114 (6): 1436-1447.
Donde ya vemos el tipo de información que se suministra: autor, año de publicación, título del trabajo, nombre de la revista (en este caso abreviado), volumen y número (entre paréntesis), página inicial y final... La idea es que exista toda la información necesaria para que otra persona tenga una referencia inequívoca del trabajo citado y puede localizarlo sin errores.
En este post describiré algunos detalles sobre cómo citar trabajos de otros autores en un documento científico propio. Como existen varias formas de hacerlo, veremos las variantes más comunes aunque es seguro que habrá que cambiar detalles según en qué revista vayamos a publicar. Por ejemplo, en la referencia anterior el nombre de la revista aparece en letra cursiva, algo habitual pero que no todas las revistas aceptan.
En cualquier caso, las ideas generales son aplicables a todo trabajo científico por lo que serán útiles para cualquier tipo de redacción, desde un artículo a una tesis doctoral.

En la biblioteca de la Universidad de Coimbra
¿Qué es una cita?
Una cita es una nota donde damos los datos de una publicación de otro autor de la cual hemos tomado ideas, datos o conclusiones de utilidad para desarrollar nuestro propio trabajo. Las citas a publicaciones ajenas son lógicas ya que nuestro trabajo no se desarrolla de forma aislada e independiente del resto de la comunidad científica sino que debe apoyarse en lo ya hecho por otros.
En el estado actual de la ciencia y técnica, ni siquiera una idea revolucionaria puede exponerse sin citas a documentos externos.
¿Por qué citar?
Un trabajo sin citas suele ser síntoma de dos problemas:
  • el autor no conoce lo que el resto de la comunidad científica ha hecho en su tema de investigación. Esto supone un riesgo cierto de repetir lo ya hecho y de resolver problemas que hace tiempo están ya solucionados. Se ha hecho relativamente famoso el caso de M. M. Tai, un médico que descubrió y publicó "un modelo matemático para la determinación del área total bajo las curvas de diferentes estudios metabólicos". Léanlo en Redescubriendo la sopa de ajo.
  • el autor conoce lo que han hecho los demás lo oculta y lo escribe como si fuera de desarrollo propio.
En el primer caso, el trabajo será probablemente de baja calidad ya que la figura del investigador competente pero aislado informativamente del resto de la comunidad no existe. En el segundo caso se está cometiendo plagio, figura que puede ser perseguida legalmente y que, en el mejor de los casos, supone el descrédito el investigador que lo realiza.
Incluso desde un punto de vista egoísta, citar de forma juiciosa es beneficioso: una buena selección de referencias garantiza al lector que se ha realizado una revisión del "estado del arte“ en el tema tratado y lo coloca con un ánimo favorable ante el trabajo, cuestión especialmente importante cuando el lector es un revisor y nuestro objetivo es publicar en una revista.
¿Cuándo citar?
Siempre que se tome un dato, una idea o cualquier otro tipo de información de un trabajo ajeno debe citarse la fuente. Esta conducta no sólo debe seguirse en la realización de artículos o tesis doctorales sino en cualquier otro trabajo científico o técnico incluyendo, cómo no, apuntes de clase del profesor y trabajos de asignaturas de alumnos: todo trabajo se apoya en una enorme cantidad de esfuerzo previo de otros autores y es honrado reconocerlo explícitamente.
Sin embargo, no hay que citarlo todo. La cita no debe hacerse cuando la argumentación es obvia o lo que se presenta ha pasado a formar parte de los conocimientos generales dentro de la especialidad. No tiene demasiado sentido escribir
—"La refracción de la luz (Newton, 1671) es el principio de los objetivos ópticos fotográficos“.

¿Qué tipos de documentos se citan?
Es posible citar cualquier documento aunque lo más frecuente es citar artículos de revista y, con frecuencia decreciente libros, comunicaciones en congresos, tesis doctorales, informes técnicos, mapas e incluso trabajos inéditos. Recientemente se han hecho frecuentes las citas a documentos localizables solamente en direcciones de Internet.
Es importante distinguir entre cita de fuentes primarias y de fuentes secundarias. Una cita primaria se hace a partir de la obra original mientras que una cita secundaria se hace copiando la referencia de un segundo autor que cita al primero. Lógicamente, hay que huir de las citas secundarias porque no responden a un examen directo de la obra original y son fuente continua de malentendidos y errores. La norma, por tanto, es que toda cita debe responder a un examen del documento real: no se deben citar documentos que no se hayan visto. Realizar una cita secundaria debe ser el último recurso y antes deben hacerse todos los esfuerzos posibles por localizar la obra original y trabajar sobre ella.
¿Cómo citar?
La norma básica es que todas las referencias (las que aparecen en el listado del final) deben estar citadas en el texto principal. La inversa es también obligatoria: siempre que se cita en un texto, la referencia correspondiente debe figurar en el apartado final. Debe haber, por tanto, una correspondencia estricta entre las citas en el texto y las Referencias.
A la hora de elegir los estilos de cita y referencia existen dos normas básicas (UNE 50-104-94 e ISO 690:1987) pero nadie les hace el más mínimo caso porque las revistas científicas suelen tener normas propias (generalmente más elegantes aunque el contenido sea similar). Por ejemplo, el Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE) edita varias revistas científicas cuyas normas están disponibles en una Guía de estilo completa. La forma de hacer las citas y referencias ocupa bastantes páginas que comienzan en la 5 (Editing References).
La cita dentro del texto
El sistema de cita más habitual (y cómodo) es el llamado de autor/fecha. Según la redacción del párrafo se hará de alguna forma de las siguientes:
  • ... el mejor resultado fue obtenido por Robertson (1999), que encontró un error de 3.5 m.
  • ... el mejor resultado fue un error de 3.5 m (Robertson, 1999).
Si hay más de un autor se siguen normalmente las reglas siguientes:
  • dos autores: ... según Longman y Butfield (1998) ...
  • tres autores o más: ... según Eatsman et al. (1997) ...
Es decir, para tres autores o más, en la cita del texto sólo se especifica el primer autor seguido de "et al." en letra cursiva (del latín et alii, y otros). Sin embargo, en la referencia deben figurar todos los autores. En este sistema, las referencias estarán ordenadas alfabéticamente y si un autor tiene más de una se ordenarán éstas por fecha, de más antigua a más reciente.
Otro sistema bastante utilizado es representar cada cita por un número correlativo entre corchetes. En este caso, las citas tendrían la forma:

  • ... el mejor resultado fue un error de 3.5 m [1].
  • ... en [1] se muestra el mejor resultado: un error de 3.5 m.

Lógicamente, en este caso las referencias al final estarán ordenadas de acuerdo con el número de cita.
En trabajos de ciencia y tecnología no es costumbre incluir las referencias bajo la forma de notas a pie de página ni utilizar abreviaturas que, sin embargo, son ampliamente usadas en otras disciplinas ( op. cit. , ibidem ., etc.)
Tampoco es frecuente introducir textos largos de otros autores en nuestro propio trabajo. En cualquier caso, si se reproducen textos ajenos esta reproducción deberá ser literal (exacta y sin cambios) y se hará entre comillas o en letra cursiva. Siempre debe quedar claro qué parte del texto es original nuestra y qué parte es una copia de otros. Finalmente, en el caso de Tesis Doctorales y otras monografías de investigación considero una buena práctica especificar la página en la cual se ubica la cita que se hace de la forma siguiente:

  • ... este concepto se define por primera vez en Kekill (1979:116).

Este ejemplo dirige al lector directamente a la página 116 del libro de Kekill, donde decimos que hemos localizado la definición. En el caso de no especificar la página nos veríamos obligados a revisar el libro hasta encontrarla.
La referencia
En el apartado de Referencias, todas las obras citadas en el texto principal estarán con sus datos completos ordenadas alfabéticamente por el apellido del primer autor o por orden de cita, según qué sistema se use.
Existen muchos estilos para elaborar las referencias aunque la información es siempre muy similar. A la hora de publicar en una revista tendremos que adaptarnos a las normas que nos digan, algo bastante enojoso porque todas suelen diferir en algún detalle. Para facilitarnos la tarea de gestionar la bibliografía y de interactual con el procesador de textos es muy importante usar desde el principio un gestor bibliográfico. Puedo recomendar tres, bastante diferentes:
  • Endnote, de pago pero muy completo, incluyendo conexión con bases de datos para localizar y descargar referencias. Tiene incluidos los estilos de cientos de revistas para una maquetación automática.  
  • Mendeley, gratuito y muy rompedor en muchos de sus detalles, incluyendo la posibilidad de compartir bases de datos en internet. 
  • Zotero, también gratuito y cada vez más usado. Yo aún no lo he probado pero como mucha gente lo recomienda aquí les pongo la referencia. 

11 diciembre 2010

Engaños y ocultamientos

Hay un blog llamado CO2 del que es autor Antón Uriarte y en el que todos los posts están dedicados a desacreditar la hipótesis del cambio climático, a veces zurrándole a la propia realidad del cambio, a veces solamente al origen antrópico del mismo. Eso está bien ya que es interesante que haya aportaciones de todos los lados del debate. El problema viene cuando la información que se presenta parece haber sido elegida deliberadamente para que confirme lo que al autor le interesa, ocultando otra que no es tan favorable.
Recientemente se han publicado en CO2 dos breves posts para mostrar: a) que los inviernos actuales en España no son más cálidos que en décadas pasadas y b) que las lluvias en el Sahel son hoy más abundantes que en décadas pasadas. Ninguna de ambas afirmaciones es necesariamente sorprendente pero hay que reconocer que son de difícil digestión  para los que apoyan que el cambio climático está sucediendo ya y que se está reflejando en un calentamiento generalizado en la Península Ibérica. Pero ¿es correcto ese dato? Como no tengo mucho tiempo, hoy voy a comentarles solamente el primer caso. Dice don Antón:
Desde hace 40 años la temperatura media de los inviernos en España (Diciembre-Enero-Febrero) no muestra ninguna tendencia, a pesar de que la concentración de CO2 haya pasado globalmente de unas 320 ppm a unas 390 ppm (partes por millón).
Para avalar la afirmación muestra una figura y enlaza a un informe de la AEMET (Agencia Estatal de Meteorología). La figura es:
Temperaturas medias del invierno en España desde 1971 hasta 2009.
donde se ve, en efecto, que la temperatura media desde 1971 hasta el 2009 oscila entre los 6 y los 10 ºC sin una aparente tendencia.
Estos datos me interesaron y dado que se trataba del informe de sólo una estación busqué por si encontraba los de las otras tres. El resultado es que están disponibles los de primavera y los de verano ya que el otoño de 2010 aún no ha terminado. Hay informes de años anteriores pero no tienen un gráfico equivalente al de arriba (pueden localizarlos todos aquí).
¿Por qué don Antón no nos puso en su post los gráficos de primavera y de verano? ¿Por qué puso el enlace solamente al PDF del invierno y no a la página donde están todos los informes?
A lo mejor eran redundantes y bastaba con el del invierno, quién sabe. Yo sí voy a traerles toda la información, a ver si notan algo:
Temperaturas medias de primavera en España desde 1971 hasta 2009.

Temperaturas medias de verano en España desde 1971 hasta 2009
Aunque los gráficos no son muy afortunados (escalas diferentes, origen en cero grados...), da la sensación de que en estos dos casos sí hay una tendencia a la subida, más clara en primavera que en verano. Como reconozco que evaluarlo así, a ojo, no es un método objetivo, me han pasado (gracias R) los gráficos a cifras con lo que obtenemos lo siguiente (b es la pendiente de la recta de regresión y P es la significación estadística de esa pendiente):
  • invierno: b = 0,014; P = 0,270
  • primavera: b = 0,069; P < 0,001
  • verano: b = 0,069; P < 0,001
Es decir, que don Antón tiene razón cuando dice que no hay tendencia en las temperaturas medias de los inviernos pero nos ocultó los dos informes de primavera y verano donde dicha tendencia es creciente y estadísticamente muy significativa ¿vale engañar?
Finalmente, tampoco suponía un gasto excesivo ponernos un resumen anual, en vez de estacional. En este caso, el informe nos muestra una figura con las desviaciones desde 1961 respecto al periodo de referencia 1971-2000, a saber:
Desviaciones de la temperatura media anual respecto a la media de 1971-2000.
Está claro ¿verdad? Independientemente de la escala del eje vertical, que podemos exagerar para hacer más o menos espectaculares los cambios, la relación es visible, permítanme que no haga números aquí. ¿Es algo coyuntural o es un reflejo del cambio climático? No lo sé pero sí recuerdo que ocultar la información que no nos conviene es uno de los tipos de fraude científico que les comenté unos días atrás en los posts dedicados a ese tema aquí y aquí.

Nota: las temperaturas medias no son un buen indicador de casi nada y cuando se trata conjuntamente un país como el nuestro, extenso y con zonas climáticamente muy diferentes, aún menos. Los análisis de cambio climático deben hacerse teniendo en cuenta el espacio, ya que las variaciones no son iguales en todas las zonas. Asimismo, en mi opinión, es preferible trabajar con las temperaturas mínimas y máximas por separado ya que son las que realmente se miden en muchas estaciones. Las temperaturas medias no suelen ser realmente medias sino una media entre máximas y mínimas, que no es lo mismo.

09 diciembre 2010

Algunos detalles sobre el curriculum vitae normalizado

Pues eso, resulta que me toca pedir sexenio este fin de año y una de las opciones que nos da el Ministerio es presentar nuestro curriculum en el formato normalizado. Sobre el CVN ya comenté algo en este post:
La necesidad de organizar ese caos era evidente y el Ministerio de Ciencia e Innovación y la FECYT han elaborado un CV digital normalizado, el CVN. Se supone que será válido en todo lugar aunque el listado de instituciones que lo han adoptado es, por el momento, corto. Al CVN se incorporará una firma electrónica (por fin) y estará en formato PDF con estructura interna XML.
Luego manifestaba algunas dudas que no podía resolver al no estar mi universidad adscrita al CVN. Ahora ya es posible rellenar el CVN online con lo que no es necesario esperar a que la UEX espabile y se entere de qué va la la fiesta. Sin embargo comienzan a aparecer algunos problemas, alguno previsible. El primero es que se ha optado por una información tan exhaustiva que muchos detalles van a ser muy fatigosos de rellenar y probablemente poco útiles en cualquier evaluación. No puedo darles más información ahora porque no consigo entrar a la aplicación (he reseteado mi clave pero el correo con la nueva no llega), será en otro momento. Los otros que he detectado son, creo, fáciles de solucionar, a saber:
  • sólo es posible la importación de datos CVN.XML, es decir, el formato XML propio de la aplicación. En cambio, no es posible importar nada de cualquier otra fuente, entre las cuales deberían estar los formatos clásicos de los gestores bibliográficos, como el RIS.
  • se supone que puedes importar tus publicaciones desde la Web of Knowledge a partir de tu nombre y apellido pero no he conseguido que funcione (a mí no me encuentra, y eso que mi apellido es ciertamente pintoresco).
  • se puede introducir el DOI de los artículos pero no hay opción de que se recupere los datos del artículo a partir de dicho identificador. Hay aplicaciones que ya lo hacen con bastante soltura, como Mendeley, un gestor bibliográfico bastante interesante.
Estas tres cosas han sido enviadas al buzón de sugerencias, aunque reconozco que la última puede ser más compleja de implementar, a ver si hacen caso.

22 noviembre 2010

[Foto] Flores del frío (2)

Según el sobre donde estaban las semillas, se trata de Podranea ricasoliana. Quién sabe. El caso es que la planté hace seis años en una esquina de la casa y hasta hoy florece cada noviembre con unas grandes inflorescencias de color rosado. ¿EL bicho? Una casualidad afortunada.

19 noviembre 2010

¿Cómo y dónde encuentro artículos científicos?

Es necesario que en todo trabajo de investigación estemos al día de los avances que se hayan producido en nuestro campo. Cuando hablamos de trabajos de investigación nos estamos refiriendo a muy diversos tipos de documentos pero, sobre todo, a artículos publicados en revistas. Nuestros propios artículos deberán citar los trabajos previos de otros siempre que sean relevantes pero, lógicamente, antes de llegar a eso habrá sido necesario buscarlos y encontrarlos. El problema que intentaremos solucionar en este post es ¿cómo localizo artículos de buen nivel para ir formando un archivo bibliográfico?

¿Dónde debo mirar?
Los trabajos de investigación con los últimos avances se publican mayoritariamente en revistas especializadas y en inglés. En menor medida (depende de las áreas) pueden encontrarse en las publicaciones que recogen las comunicaciones de congresos y ocasionalmente bajo la forma de libros.
En este último caso hay que tener en cuenta que la escritura y publicación de un libro es una tarea que necesita un mínimo de dos o tres años; por este motivo los libros son obras que comunican conocimientos consolidados más que los últimos avances en el campo que se trate. Estos avances vamos a encontrarlos, sobre todo, en revistas.


¿Cómo localizo las revistas científicas?
Afortunadamente, en los últimos años la práctica totalidad de revistas de cierto nivel está en Internet con texto completo. Incluso aunque no podamos acceder al trabajo en su totalidad, sí podremos a los índices y a los resúmenes. La mayoría de las revistas son editadas por un número limitado de empresas editoriales especializadas o puestas en Internet por “mayoristas“ de la publicación. Los sitios de este tipo más importantes son los siguientes (algunos enlaces pueden cambiar con el tiempo):
Estos lugares ofrecen un listado de todas las revistas disponibles, alfabético o por temas, así como métodos de búsqueda dentro de las revistas. Usaremos los buscadores para localizar artículos de interés para nuestro trabajo mediante palabras clave, nombres de autores, etc.

Cómo buscar
Lo primero que hay que tener claro es qué se quiere buscar exactamente. Las búsquedas generales generan listados de cientos o miles de documentos que son completamente inútiles. Es preferible, por tanto, definir la búsqueda mediante palabras clave específicas y claras. Por ejemplo “cartografía“ no es una palabra adecuada ya que es excesivamente genérica (además de estar en español). Localizar las palabras clave adecuadas puede ser una tarea complicada por lo que, si hay dudas, lo mejor es buscarlas en los artículos que ya tengamos en el fondo documental.
Una vez definidos los criterios de búsqueda basta con introducirlos en los buscadores que se han mostrado antes; por ejemplo, en la página de ScienceDirect:


Con un poco de paciencia podremos localizar artículos que responden a nuestras palabras clave y que pueden aparecer en diversas revistas. Veremos que las consultas devuelven trabajos interesantes en revistas que, en principio, no miraríamos. Lo que ya no será siempre posible es el examen del texto completo del artículo ya que salvo excepciones están sujetos a suscripción. Una de estas excepciones es el conjunto de revistas publicadas por la Public Library of Science, de acceso abierto:
¿Cómo consigo el trabajo?
No sirve de mucho tener una amplia colección de referencias si no se consiguen (y leen) los trabajos originales. La forma más habitual es usar internet en los enlaces de arriba para acceder a las revistas en su versión digital pero hay otras formas alternativas en caso de emergencia o de trabajos antiguos. Les comento un par por aquello de tener un plan B en caso necesario:
  • localizar físicamente la revista en REBIUN y pedir fotocopias y/o un favor
  • buscar el texto en Internet
  • pedir el trabajo al autor
  • utilizar las suscripciones personales o de organismos de investigación
REBIUN rs el acrónimo de Red de Bibliotecas Universitarias. A través de un buscador se puede localizar la revista que nos interesa (no un artículo) y dónde está, es decir, qué universidad española tiene una suscripción a la revista en cuestión bien en papel, bien electrónica.
En el catálogo colectivo se localizará la revista tecleando el título (en minúsculas). Por ejemplo, “photogrammetric engineering“ (para localizar Photogrammetric Engineering & Remote Sensing):
Lo cual nos devuelve, entre otras pocas cosas:

Pinchando en la penúltima entrada, que refleja el nombre de la revista, nos saldrán las universidades que tienen la revista en sus bibliotecas y donde tendremos que buscar la que más nos interese para conseguir el trabajo.

En internet
La tercera opción es localizar la separata con su texto completo en Internet; esto es posible a veces con los trabajos recientes y más difícil con los trabajos antiguos. Para buscarlos se teclea el título completo entre comillas en un buscador como Google. Hay trabajos que están puestos por los autores en sus páginas o en las de sus grupos (en mi grupo lo hacemos así) o aparecen en versiones casi definitivas en lugares como arXiv.org, un gran repositorio de preprints.

Peticiones al autor
La última opción, que no es excluyente con algunas anteriores, es solicitar directamente el artículo al autor. Antes se tenía que hacer por correo postal así porque en internet no había nada. Enviabas una postal y era un ritual estar atento al correo diario a ver si te llegaba algún sobre, cuanto más voluminoso mejor. Hoy todo va en PDF y mucho más rápido, claro. El caso es que podemos tener noticia de algún trabajo publicado en una revista a la que no tenemos acceso. Lo más simple es escribir al autor y pedirle el PDF. La experiencia muestra que la respuesta a estas solicitudes es de casi el 100%. Finalizamos con unas reglas mínimas. El correo estará redactado habitualmente en inglés. La redacción será correcta y educada; no es habitual entre la comunidad científica un tratamiento excesivamente formal pero no está de más ser prudente; así, será preferible dirigirnos con un ”Dear Dr. Fisher‘ que con un ”Hi, colleague!‘
Si es posible, se ofrecerá algún trabajo propio que pueda interesarle; aunque no es obligatorio hacer esto, normalmente es muy bien recibido. Tampoco estará de más explicar un poco en qué trabajamos y cual es nuestro interés en sus artículos.

16 noviembre 2010

Hace dos mil años

Hace tiempo murió un ciudadano romano residente en Colonia Iulia Augusta Emerita. Un artista le hizo un retrato para que quien visitara su tumba pudiera recordarle tal como era al final de su vida. Sin que sepamos la razón, la necrópolis se abandonó y cayó en el olvido. Durante dos mil años su busto en mármol estuvo oculto, enterrado entre otros restos. Tras el abandono de un cuartel militar, la zona comenzó a excavarse hace pocos años. En octubre del 2009, el retrato salió de nuevo a la luz y hoy podemos verlo en una exposición temporal en el Museo de Arte Romano de Mérida.


Notas sobre las fotografías: la iluminación en el Museo es muy pobre y no dejan usar trípode (ni flash, claro). Estas dos fotos son las únicas que conseguí nítidas de más de veinte. Hubo que hacer una corrección de blancos ya que el foco que ilumina esta pieza tiene una temperatura de color de 2400 K y lógicamente las fotos salen rojizas.  

14 noviembre 2010

Cosas sobre el fraude en la publicación científica (2)

Continuación del post con el mismo título de hace unos días. Algunos ejemplos ya fueron tratados en este blog en entradas específicas (como el de las bayas de Goji , el de Merck y el de Elsevier).

Publicación reiterada
Consiste en la publicación, en parte o en su totalidad, de un artículo ya publicado en otra u otras revistas. Como anécdota, asistí a un tesis donde el curriculum del doctorando contenía una docena de "publicaciones". Aparte del detalle de que estaban mezcladas las comunicaciones en congresos y los artículos de revistas, la materia era exactamente igual. El personaje se había paseado por medio mundo con el mismo material y había logrado colocarlo en una decena de congresos. Finalmente, consiguió también publicarlo en dos revistas no indexadas. Los títulos eran muy similares, iguales en ocasiones. Cuando le pregunté por el asunto se mostró muy sorprendido porque eso pudiera considerarse un problema ético. Lo más interesante es que creo que era sincero.
La publicación del artículo duplicado (o más) se realiza por los mismos autores y sin el conocimiento de los redactores de las revistas implicadas. Normalmente las revistas prohíben expresamente que un trabajo se envíe a revisión a dos o más revistas simultáneamente y más aún que haya sido ya publicado. Un caso más difícil de valorar es cuando un trabajo se publica en un congreso y posteriormente en una revista. En estos casos hay que verificar que la revista admite esa publicación anterior, cosa que algunas hacen y otras prohíben expresamente. Personalmente entiendo que no hay fraude si la revista está avisada de la existencia del congreso y el autor es transparente respecto a esa circunstancia con el editor. Nosotros tenemos un caso propio que se publicó inicialmente en español en una revista no indexada y luego enviamos una versión en inglés (eso sí, corregida y aumentada) a una revista internacional. El editor y los revisores estuvieron al tanto de la jugada y no hubo problemas al respecto (también se dice en el artículo expresamente).

Publicación salami
Fragmentación de lo que debería ser un único artículo en dos o más partes buscando la "unidad mínima publicable" y con ello la máxima eficacia en número de artículos. Conste que yo prefiero artículos cortos y monotemáticos. Recientemente hemos publicado uno largo y complejo (Photogrammetric Engineering & Remote Sensing, noviembre 2010) y no me apetece repetir la experiencia. Por eso justifico que un tema complicado se divida en dos o más partes, aunque solo sea para que los golpes de los revisores te lleguen del mismo lado cada vez y sean más fáciles de encajar. En cualquier caso es el editor el que debe valorar si la división en partes está justificada y deben ser publicadas independientemente.

El revisor hostil en plena faena
Publicación de mala calidad
Cara 1: la ciencia puede ser negocio.
Aceptando que no me caen nada bien, entiendo que es el caso del Wessex Institute of Technology, que se ha especializado en la organización de congresos, docenas al año y no precisamente gratis. Precios para un congreso en Alicante el próximo año (ver): tarifa normal, 1380 euros; reducida para autores, 980 euros; estudiantes no autores, 500 euros (estos sin derecho a recibir el libro del congreso). Lógicamente, si te apuntas al asunto, tendrás que añadir el desplazamiento, alojamiento, comida...
El WIT es un ejemplo de un buen negocio montado sobre la necesidad de publicar. Pero ¿cómo puede ser que con ese coste el WIT cada vez organice más congresos, año tras año? Hay un par de hipótesis. La primera es que hay autores con mucho dinero disponible, lo cual es una parte de la verdad. La segunda es que hay que publicar cueste lo que cueste, literalmente hablando, y sea lo que sea. Y eso nos lleva a la segunda cara del espectáculo.

Cara 2: la basura también es publicable.
Los trabajos valiosos, definiendo como tales a aquellos que suponen un pequeño avance en el conocimiento no son un porcentaje alto del total. En el resto abundan los trabajos que repiten técnicas ya conocidas o investigaciones ya realizadas variando los escenarios experimentales. Aportan información escasa pero no falsa. Sin embargo existen trabajos que no aportan absolutamente nada a lo ya conocido. No son fraudulentos sino simplemente muy malos y serían normalmente impublicables. En este contexto se acuñó el término spamference uniendo los términos spam y conference, una de las forma de denominar los congresos en inglés. Se trata de congresos basura que pueden tener un comité científico para selección de los trabajos pero donde, en la práctica, todos son aceptados. Explicación 1: un trabajo rechazado supone una pérdida de dinero directa porque los autores no se inscribirán. Explicación 2: ¿cómo voy a decirle a fulano, que viene representando a zutano (o al grupo X o a la universidad Y) que su trabajo es impresentable? ¿Y si se molesta? Hay ejemplos notables de esta práctica y de sus variantes. En un caso reciente (del año pasado) se celebró un congreso en España donde pagar la inscripción era una condición previa para enviar un trabajo. Probablemente se aceptaron todos. En otro caso recomendé la no publicación de dos de las cuatro comunicaciones que me enviaron a revisar porque faltaba información esencial. Sin más explicación, ambos fueron aceptados. No hace falta decir que tengo a dicho congreso (bianual) en la lista negra.

¿Qué es una publicación basura?
No sería un fraude sino simplemente eso, una basura. Una PB no aporta nada a lo ya conocido, suele estar mal elaborada, con una deficiente revisión bibliográfica, llena de citas espurias, tomadas por los pelos e incluidas sólo para rellenar el apartado de referencias. Frecuentemente la introducción y los antecedentes están copiados de otro porque cuesta trabajo hacerlos (supone un ejercicio de reflexión y síntesis). Finalmente los resultados son mínimos y la discusión inexistente.
Las PB se hacen normalmente por dos motivos: porque el autor no da para más o porque hay que publicar a toda costa ante algún acontecimiento próximo.
Como consecuencia, las spamferences están causando un grave daño a la credibilidad de los congresos y afectando a las valoraciones curriculares. De hecho, en muchas áreas los congresos no puntúan en el curriculum, sólo las publicaciones en revistas. Hay congresos realmente serios, donde incluso sólo se seleccionan veinte o treinta de los cientos de comunicaciones presentadas, en una especie de oposición donde ganan los mejores. Pero no todo es así.

Caso 3: el caso chino de revistas ad-hoc
La mayoría de los artículos publicados en las más de 5000 revistas de investigación publicadas en China no son ni citados, ni siquiera leídos, por otros científicos (chinos y no chinos). China ya es el segundo productor mundial de publicaciones (en número) tras EE.UU. Un estudio del gobierno chino ha descubierto que los artículos científicos publicados en revistas chinas tienen un grave problema: son muchos y son muy malos (la brecha entre calidad y cantidad es muy grande).

Revisores amigos y revisores hostiles
La tarea de revisar un artículo es dura por varios motivos. El primero es que hay que leerlo en profundidad, sin dejar escapar ningún detalle importante. El segundo es que probablemente tengamos que ponernos al día y leer y asimilar aún más cosas que el artículo a revisar. Lo tercero es que lleva tiempo y normalmente no lo tenemos previsto en nuestra agenda. Finalmente, tienes una responsabilidad porque estás juzgando si un autor publica o no y eso puede ser muy importante para él. Todo esto ha llevado a que los revisores escaseen y las revistas te pidan cada vez con más frecuencia que propongas tres o cuatro que puedan revisar tu trabajo. Esta práctica lleva al primer abuso en la revisión: proponer revisores que nos deben un favor (a veces el mismo) o que son amigos con el fin de obtener una evaluación positiva del trabajo.
La otra cara de la moneda son los revisores hostiles: se trata de revisores que dilatan sus informes durante meses y/o se oponen a su publicación con argumentos caprichosos o falaces.

El caso del doctor Pitufo (caso real sin resolver)
After reading the comments of Dr. Pitufo we cannot agree with the suggestion to make a new major revision of the paper by the following reasons.
Dr. Pitufo pointed out two main concerns in his 2009 revision of the paper, and recommended a major revision to address them, which at that time and according to his review, were the problems impeding its publication.
Those two issues were addressed as requested in two months, when the manuscript, greatly modified and improved thanks to his review, was returned to the journal. As requested by Dr. Pitufo, the new manuscript was greatly different from the original one (the analyses were carried out again), and a new statistical method was included (Obviously, the modifications also consider the suggestions made by the other referee).
More than a year after, Dr. Pitufo recently sent his new review, in which he does not acknowledge the changes done according to his previous review, and worst, raise totally new concerns, not exposed previously to the same paper, and again he recommends a new "major revision"; it seems as he did not realize that he had already reviewed this manuscript. We cannot agree with his decision, as some of the problems he raises are incorrect or irrelevant for the scientific value of the paper, and others are personal opinions, sometimes contradictory, again unrelated to the scientific value of the paper. We have been discussing the problems he mentions in his review (by crossing several telephone calls and e-mails) but we have reached deadlock.
This month it is 3 years since the original manuscript was sent to your journal. It has been improved substantially, thanks especially to Cr. Pitufo's review, but this paper is a clear example of that it is impossible that authors and reviewers agreed at 100% in every detail of a manuscript. Papers must be evaluated with regard the scientific value of their findings, and if they are methodologically sound, but it is not fair that their publication is delayed indefinitely by worthless, idiosyncratic details regarding the scientific value of the manuscript.
Consequently, and after doing every modification requested by the reviewers, completely rewrite the paper, answer the last comments by Dr. Pitufo (see below), and include the Editor's modifications, we would like to ask you for a decision about the publication of the paper, or if it would be finally rejected. Obviously, the manuscript still can (and ought to) be improved on request.

Conflicto de intereses
Ocurre cuando la investigación está financiada o intervenida de alguna manera por empresas o instituciones con intereses potenciales en los resultados. Por ejemplo, si una empresa farmacéutica financia un ensayo clínico de un producto propio o este es realizado por personal de la empresa. El que exista un conflicto de intereses no implica fraude pero en el artículo deben presentarse explícitamente todas las circunstancias que puedan generar sospechas sobre la limpieza en el proceso. Actualmente, casi todas las revistas obligan a rellenar y firmar un apartado sobre conflictos de intereses antes de aceptar un artículo. Por ejemplo, en PLoS ONE siempre figuran párrafos al respecto:

Funding: This work was supported by the National Natural Science Foundation of China (30970307) to S.L.C. and the National Key Technology R&D Program in the 11th Five-Year Plan of China (2007BAI27B01) to J.Y.S. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.
Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

Ejemplo 1: el caso de la bayas de goji
Los artículos sobre los benéficos efectos de las bayas de goji están monopolizados por un autor llamado Harunobu Amagase. En estos artículos, la filiación y financiación suele aparecer al final, por ejemplo:
All financial support was obtained from FreeLife International LLC in Phoenix, Arizona. The corresponding author is a member of FreeLife's Independent Scientific Advisory Board. The first author (HA) is an employee of FreeLife International. The second author (BS) performed the clinical study in China funded by FreeLife.
Entrando en la web de Freelife International (http://us.freelife.com/) vemos que está especializada en productos pseudomédicos donde, entre otros, aparecen las mencionadas bayas de goji bajo la marca registrada GoChi.

Ejemplo 2: Merck y el rofecoxib
Merck (http://www.merck.com/) es una gran empresa farmacéutica cuya fundación se remonta a 1891. Ha hecho grandes cosas como, por ejemplo, iniciar en 1987 el Mectizan Donation Program mediante el cual proporciona gratuitamente 68 millones de dosis anuales de ivermectina, el único medicamento efectivo contra la filariasis linfática y la oncocercosis, dos enfermedades producidas por gusanos parásitos que afectan a decenas de millones de personas en el mundo. Pero no todo es así.
Merck ha sido acusada de usar autores fantasma para mostrar resultados favorables a uno de sus medicamentos, un analgésico llamado rofecoxib (comercializado como Vioxx y Ceoxx). La estrategia fue omitir nombres de autores ligados a la industria farmacéutica añadiendo el de otros que, en realidad, no habían trabajado en el artículo. De esta forma, la implicación de Merck en el ensayo clínico se ocultaba. Joseph S. Ross, del Hospital Monte Sinaí, lo ha resumido contundentemente:

La idea de una compañía farmacéutica dirigiendo un ensayo clínico donde sus propios empleados lo diseñan, analizan los datos y escriben el artículo para luego, al final, contratar autores académicos para poner su nombre en el documento y dar un sello de supuesta autenticidad es algo escandaloso.
Ross es el primer autor de un trabajo donde analizaron un par de cientos de artículos relacionados con el medicamento y publicados entre 1996 y 2004. Encontraron ensayos clínicos en cuyos borradores el primer autor era un empleado de Merck. A la hora de publicarse en revistas científicas, en 16 de 20 artículos este autor desapareció de ese lugar, que fue ocupado por un académico externo. El equipo de Ross encontró "escasa evidencia" de que esos autores académicos hubieran estado realmente involucrados en la investigación que firmaban pero sí localizaron evidencia de que habían sido pagados por aceptar su autoría, frecuentemente en solitario.

Ejemplo 3: el caso de las revistas falsas
Elsevier, un mayorista de la publicación científica, ha editado siete publicaciones entre 2000 y 2005 con apariencia de revistas médicas estándar (sometidas a revisión por pares) pero que presentan una característica única: fueron patrocinadas por empresas farmacéuticas cuyo nombre se ocultó en las publicaciones.
Como ya se ha dicho, la práctica honrada es que cuando hay un potencial "conflicto de intereses" en una publicación, éste se haga público para que los lectores lo tengan presente. Aplicado al caso: si una empresa me paga por hacer un análisis sobre las bondades de uno de sus productos, independientemente de que las conclusiones sean buenas o malas, la subvención debe hacerse explícita en los artículos que se escriban. En estas revistas esto nunca se hizo.
Elsevier está llevando a cabo una "revisión interna" tras una denuncia que afectaba a la revista Australasian Journal of Bone and Joint Medicine, financiada por la empresa farmacéutica Merck y cuyos artículos y revisiones presentan, en su mayoría, datos favorables para los productos de la farmacéutica sin aclarar su patrocinio económico.
Las otras 6 publicaciones sometidas a inspección, aunque se desconocen los patrocinadores (Elsevier no ha querido dar la información), son: Australasian Journal of General Practice, Australasian Journal of Neurology, Australasian Journal of Cardiology, Australasian Journal of Clinical Pharmacy, Australasian Journal of Cardiovascular Medicine y Australasian Journal of Bone & Joint. Como puede verse, todos los casos se han producido con revistas editadas en Australia.
En el caso de la revista pagada por Merck, que ya ha dejado de publicarse, los números contienen solamente reimpresiones de artículos o resúmenes, sin que aparezcan artículos originales ni menciones a la financiación. La impresión que da es, claramente, de una estrategia de propaganda. The Scientist señala que obtuvo dos ejemplares de la revista. De los 21 artículos del primer número, 4 se refieren a un medicamento llamado Fosamax. En el segundo, 9 de 29 son sobre Vioxx y 12 más sobre Fosamax. Vioxx fue retirado por Merck debido a sospechas sobre problemas cardiovasculares.
Algunos de los artículos "de revisión" sólo tienen una o dos referencias con lo que se vio que se trataba en realidad de resúmenes y no de auténticas revisiones del estado de la cuestión.

Para finalizar: el problema de la detección del fraude
La detección del fraude es difícil en el contexto de la publicación actual por varios motivos, entre los cuales destacaría los siguientes.
  • los revisores de los artículos no se plantean si los datos son reales o no: se supone que lo son. Sólo se proponen revisar las novedades del artículo, lo adecuado de la metodología, lo correcto de las conclusiones...
  • algunos revisores pasan bastante de su tarea y no examinan a fondo los trabajos que les llegan, lo que facilita que no se publiquen solamente los buenos trabajos.
  • los tramposos existen y existirán porque de las publicaciones se deriva la promoción profesional, la financiación y el prestigio.
  • los trabajos científicos han llegado a un grado de sofisticación elevado de forma que ningún revisor puede detectar el fraude a primera vista si el artículo está bien cocinado técnicamente.
Por ejemplo, si aparecen unas fotografías de electroforesis en gel como las de la figura de arriba, el revisor no puede saber si reflejan realmente los resultados de la prueba; ni siquiera puede saber si el aparato estaba correctamente calibrado, si los "gusanitos" de gel no estaban contaminados o caducados, si las condiciones ambientales de la prueba eran las correctas... Por defecto, y no hay otra posibilidad, supondrá que todo estaba bien.

13 noviembre 2010

[Foto] Flores del frío

He ido sacando fotos de flores con la única condición de tenerlas en mi jardín (o como pueda llamarse al erial que me rodea y a las macetas). Mientras dure voy a ponerles una de vez en cuando. Este fin de semana toca crisantemo por la simple razón de que es una de las pocas plantas que florece en esta época. La foto está tomada hoy sobre el mediodía.

Crisantemos

10 noviembre 2010

Cosas sobre el fraude en la publicación científica

Un post en Amazings me ha animado a publicar una serie de articulillos sobre la publicación científica y sus aledaños, incluyendo el fraude, las búsquedas bibliográficas y cosas así. Los textos están adaptados de una asignatura de libre elección que decidí preparar hace unos pocos años para contar aquello que a mí me hubiera gustado que me contaran en la carrera y que me hubiera facilitado un poco las cosas más adelante. El post de hoy va de fraude. En otros momentos seguiremos con temas diferentes.
Actualmente existe una necesidad creciente de publicar para mantenerse en el empleo, ganar prestigio o acceder a puestos superiores en el escalafón universitario. Aunque debemos suponer que la inmensa mayoría de la producción científica está generada por gente honrada, es relativamente frecuente el descubrimiento de fraudes de mayor o menor gravedad.
Los fraudes en las publicaciones son normalmente discretos aunque existen casos especialmente graves. Ejemplos con descaro creciente:
  • el "leve" retoque del dato inconveniente que molesta porque no confirma la hipótesis; no se inventa nada pero se quita aquello que estorba.
  • la ocultación de información estadística relevante que debería darse para saber si los resultados son realmente consistentes; por ejemplo, el tamaño de la muestra, los intervalos de confianza para los estadísticos...
  • la invención de datos para conseguir un resultado al que no se puede llegar a tiempo.
¿Cómo se pueden llegar a publicar artículos falseados? ¿No se supone que hay filtros para evitar el fraude? Yo creo que la clave está en quién hace la trampa y sobre qué. A los tramposos podemos dividirlos a grandes rasgos en dos grandes grupos: los malos y los buenos.
A los malos (cutres) se les nota porque el arroz está poco hecho o se les ha pasado. Normalmente saben poca estadística y un revisor atento puede notar que su trabajo huele mal porque los datos y los análisis son, en menor o mayor medida, inverosímiles. Los “buenos” son otra cosa. Sus recetas son tan buenas que sólo cuando otros equipos se ponen a repetirlas aparece el problema: nadie es capaz de llegar a sus resultados.
Lo del tema va por otro lado: cuando el trabajo es irrelevante el fraude no se detecta porque no le interesa a nadie. Aunque el trabajo queda escrito para siempre, poca gente lo revisará y menos aún, probablemente nadie, le dará importancia. En cambio, cuando el tema es importante es irremediable que el fraude se note más bien temprano que tarde.

Hwang Woo-Suk en épocas felices
Pongamos un ejemplo; en la sección Letters de la revista Science (año 2002, número 298, página 961) se publica lo siguiente:
Retraction:
Zhenan Bao, Bertram Batlogg, Steffen Berg, Ananth Dodabalapur, Robert C. Haddon, Harold Hwang, Christian Kloc, Hong Meng, and J. Hendrik Schön.
We are writing as coauthors on the following manuscripts published in Science, which were, in part, the subject of an independent investigation conducted at the behest of Bell Laboratories, Lucent Technologies. The independent committee reviewed concerns related to the validity of data associated with the device measurements described in the papers:
  • J. H. Schön, S. Berg, Ch. Kloc, B. Batlogg, Ambipolar pentacene field-effect transistors and inverters, Science 287, 1022 (2000) (siguen 7 artículos más)
As a result of the committee's findings, we feel obligated to the scientific community to issue a retraction of the above articles. We note that although these papers may contain some legitimate ideas and contributions, we think it best to make a complete retraction.
¿Qué significa lo anterior? La carta, firmada por 9 autores, comunica a los lectores que los artículos mencionados no deben ser tenidos en cuenta y que dichos autores los dan por no válidos. Esta carta fue publicada como resultado de una investigación sobre la corrección de una serie de resultados publicados en Science y otras revistas científicas. Un resumen de dicho informe reconoce haber encontrado casos de:
  • Manipulación de datos.
  • Exactitud no creíble de datos o resultados.
  • Resultados que contradicen conocimientos actuales ya consolidados.
Añade que los datos fueron inventados o manipulados por uno solo de los firmantes (J. H. Schön) pero el resto aceptó firmar los trabajos cuando apenas habían intervenido en ellos. La consecuencia es que se hicieron corresponsables de los contenidos y quedó claramente de manifiesto su falta de ética a pesar de no haber sido los autores del fraude principal.
Este tipo de conducta no ética está presente en una parte de los trabajos científicos. Algunos llegan a pasar los filtros y ser publicados incluso en revistas de gran prestigio, como es este caso.

Taxonomía del fraude
Tipos de fraude en el proceso de creación y publicación de artículos.
Invención
Es el caso del coreano Hwang Woo-suk, que se ganó espacio en todos los diarios en el año 2004. La reseña del caso es la siguiente.
A principios de 2004 un equipo de científicos del Corea del Sur dirigido por Hwang Woo-suk anunció que había conseguido por primera vez en la historia la clonación con éxito de embriones humanos. En mayo del 2005 anunciaron que habían conseguido clonar células troncales adaptadas a una persona determinada manipulando su contenido genético para hacerlas indistinguibles de las propias de la persona en cuestión.
En diciembre de 2005 comenzaron a circular rumores de que los estudios podían haber sido falsificados y en apenas unas semanas se confirmaba que habían sido un fraude. Hwang fue suspendido de empleo y sueldo, más tarde fue despedido de la Universidad de Seúl y finalmente fue procesado en un juicio que comenzó en junio de 2006. De ahí salió con dos años de cárcel por malversar fondos públicos (470.000 euros) y comprar óvulos humanos para sus experimentos (incluidos los dos chicas de su grupo), algo que las leyes de bioética del país no permiten,
El artículo principal se publicó en Science y fue retirado unos meses después.
¿Por qué hizo Hwang esta tontería? Ha circulado la hipótesis de que Hwang creía que estaba muy cerca, apenas a unas semanas, de conseguir el éxito. Al adelantarse en la publicación de resultados falsos pasaba por delante de otro grupo coordinado por Robert Lanza que estaba muy cerca también del buscado resultado. Hwang creía que tras publicar sus resultados falsos, el otro grupo que les pisaba los talones publicaría algo similar al poco tiempo quedando la técnica validada y él a un paso del Nobel.
El problema de Hwang es que ese grupo no publicó nada y él quedó en evidencia cuando se le pidieron pruebas y protocolos.

Manipulación de datos
Las variantes de las que conozco algún ejemplo son:
  1. Los datos experimentales existen pero los autores modifican los valores con el fin de obtener un resultado favorable a la hipótesis del estudio. Hay casos donde las medidas se duplican o triplican para aumentar el tamaño muestral y conseguir así diferencias estadísticas significativas. En otros se seleccionan sólo aquellos datos que se ajustan a la hipótesis y se eliminan los discordantes.
  2. Manipulación estadística: elegir solamente aquellas pruebas estadísticas que dan resultados acordes con nuestros intereses, por ejemplo, normalizar o no los datos, elegir pruebas paramétricas o no paramétricas según los resultados.
  3. Mala interpretación o interpretación abusiva: confundir deliberadamente causalidad con correlación, sacar conclusiones generales de casos particulares…
El caso Fleischman/Pons y su fusión fría es confuso ¿fraude o exceso de optimismo al interpretar los resultados?
Plagio
Consiste en la copia de ideas o frases de otros artículos, presentándolos como trabajo propio y original sin citar la fuente. Un caso real y vigente.
A.C. y otros autores envían una comunicación a un congreso internacional titulado, pongamos, Active contours for real time applications. Mientras esperan la revisión, reciben un artículo enviado a una revista del ramo para que hagan de revisores. El artículo se titula On real time active contours y está firmado por un tal C.J., profesor asociado en una universidad de Shanghai.
El caso pasó por varias etapas:

  • A.C. denuncia el plagio pero sin enviar el PDF de su artículo que estaba sujeto a embargo.
  • Los editores no se creen del todo y argumentan que tal vez pueda llegarse a las mismas conclusiones independientemente.
  • A.C. envía el PDF del congreso señalando la ausencia de la figura 7 y lo insólito de que un chino haga estudios sobre un tema inverosímil en China y bastante normal en España.
  • Los editores escriben a C.J. pidiendo explicaciones.
  • C.J. no contesta a ninguno de los correos.
  • Aparentemente el editor no toma ninguna decisión pero A.C. no vuelve a saber más de la cuestión; es de suponer que el proceso no seguirá adelante.

Asunto pendiente para reflexionar: ¿cómo llegó el trabajo de A.C. a manos de C.J.? Como final (?) curioso, hace muy pocos días A.C. recibe un correo de un investigador chino que le pide hacer una estancia n su grupo de investigación. El sujeto es doctor y el director de su tesis es, sorprendentemente, C.J.

Ausencia de aprobación del comité ético
Este tipo de casos pueden afectar a la investigación médica y a la que usa animales en la experimentación. Las investigaciones que afectan a seres vivos deben presentar sus protocolos experimentales y ser aprobados por comisiones éticas que valoran la pertinencia de los mismos. El caso de la falsa relación entre vacunas y autismo es un ejemplo de este tipo de mala conducta y tuvo como protagonista a un médico llamado Andrew Wakefield.
En este año 2010 se retiró un artículo publicado en 1998 en The Lancet donde se relacionaba la vacuna triple vírica con el autismo en niños. Diez de los trece firmantes ya se habían desvinculado del trabajo años atrás (¿por qué habían firmado?) y los tres restantes fueron sometidos a una investigación. Sus problemas comenzaron cuando en el año 2004 un periodista se puso a investigar y denunció que los niños participantes en el estudio habían sido seleccionados por los abogados de una pareja que quería demandar a los fabricantes de la vacuna triple vírica. Estos mismos abogados también habían contratado al autor principal, Andrew Wakefield, para confirmar la relación entre la vacuna y la enfermedad.
A raíz de esas denuncias, el General Medical Council de Gran Bretaña inició una investigación cuyas conclusiones se hicieron públicas en febrero de este año 2010. Se verificaron problemas de tipo diverso que llevaron a concluir que la conducta de Wakefield había sido "deshonesta e irresponsable".
El artículo tuvo una enorme repercusión en la sociedad impulsando un movimiento antivacunación en Gran Bretaña y en los EE.UU. Llama la atención que se basa en un número de niños minúscula: doce, once de ellos varones y una chica, con edades entre los 3 y los 11 años. Se supone que estos chicos aparecieron por el servicio de gastroenterología con una historia similar: habían tenido un desarrollo normal inicial y una fuerte regresión posterior (que incluía la pérdida del lenguaje) junto con diarrea y dolores abdominales. Los niños fueron sometidos a un montón de pruebas: colonoscopias, biopsias, resonancias magnéticas, electroencefalografías, punciones lumbares...
En la investigación tras la denuncia del periodista aparecieron detalles inquietantes. Por ejemplo, en el artículo se afirma que los problemas de los niños comenzaron unos días después de recibir la vacuna, pero una revisión de los archivos del hospital reveló que varias de las familias habían comunicado los problemas antes de la fecha de vacunación. También se encontró que parte de los fondos fueron utilizados para fines diferentes de los declarados. Finalmente, se confirmó que los niños fueron sometidos a pruebas invasivas cuya justificación era dudosa y para algunas de las cuales Wakefield carecía del preceptivo permiso de la comisión de ética de su institución. Lamentablemente, la comisión investigadora también llegó a la conclusión de que Wakefield manifestó una "total indiferencia por el sufrimiento y el dolor que sabía o debería haber sabido que los niños podían sufrir" con esas pruebas.

Autoría ficticia
Los autores de una publicación científica son los que redactan el original y contribuyen sustancialmente al desarrollo de la investigación. Sin embargo es práctica común el incluir a otras personas que no cumplen estos requisitos dándose el fenómeno conocido como autoría regalada, honoraria o ficticia. El regalo de la coautoría se utiliza para recompensar algún favor, como forma de halagar a un superior, o como derecho arrogado por el jefe del departamento donde se realiza la investigación; también puede darse el intercambio reciproco de autorías en otros artículos.
Hay casos que se agravan debido a una relación laboral poco equilibrada que conlleva indefensión. Por ejemplo, un proyecto fin de carrera especialmente brillante es modificado o maquillado y presentado posteriormente por el tutor como propio (caso real).

Seguimos el próximo día con las publicaciones duplicadas (o más), con los casos de revisores no precisamente imparciales y con conflictos de intereses.

06 noviembre 2010

He recibido un correo: titúlese sin estudiar

Tras poder titularse en especialista en homeopatía sin dar ni golpe (es justo y nada sorprendente ya que no hay materia), tras conocer esotéricas "universidades" que sólo están en la mente delirante de algún chiflado, aún podemos llegar más lejos (Groucho, cuánto se te echa de menos). Recibido ayer:
A Genuine University Degree in 4-6 weeks!
Have you ever thought that the only thing stopping you from a great job and better pay was a few letters behind your name?
Well now you can get them!
BA___BSc___MA___MSc___MBA___PhD
Within 4-6 weeks!
No Study Required!
100% Verifiable!
These are real, genuine degrees that include Bachelors, Masters, MBA and Doctorate Degrees.
They are fully verifiable and certified transcripts are available.
Just call the number below.
You will thank me later…
1-601-812-5750
Estos yanquis son la bomba.

30 octubre 2010

Rebuznos en la universidad: cátedra de homeopatía en Zaragoza

Mi idea de la universidad se basa en que su primer objetivo es impulsar el pensamiento crítico en la sociedad. Hoy reconozco públicamente, ante acontecimientos recientes y reiterados, que es una idea cándida y trasnochada. Hasta el momento, un buen puñado de universidades ofertaba cursos de diverso pelaje, congresos y maestrías sobre, por ejemplo, la astrología o la moxibustión. Sobre esta cuestión tienen referencias en el blog La lista de la vergüenza, una lista que va creciendo poco a poco.
Lo que me hace volver a este tema es que hace pocos días la Universidad de Zaragoza ha aceptado la financiación de los Laboratorios Boiron para crear una Cátedra Boiron de investigación, docencia y divulgación en homeopatía. Entiendo que este paso es algo mucho más serio que los anteriores ya que supone una venta institucional a la pseudociencia (ya no es un profesor o un grupito que quiere hacer negocio) y es de difícil reversión en el futuro.
Vaya por delante que no voy a entrar a discutir las razones que hacen de la homeopatía un fraude. Sus fundamentos (la memoria del agua y la potenciación de efecto con las diluciones infinitas) están desacreditados desde hace décadas y los ensayos clínicos han mostrado que los "preparados" no tienen efectos perceptibles más allá del efecto placebo y esto solo en algunos casos. Si alguien quiere debatir sobre esto deberá remitir a artículos que hayan explicado y validado las hipótesis básicas.
Aclarado y acotado lo anterior, me interesa más un análisis general ¿cuáles son las razones para que esté ocurriendo esto en nuestras universidades?



Se me ocurren algunas y todas inquietantes. La primera es poco discutible: la necesidad de financiación. La segunda es una suposición: el muy escaso nivel científico de las personas deciden que las pseudociencias se promocionen en sus aulas. Las dos juntas tienen efectos como el de la Cátedra Boiron. Suponer un mínimo nivel científico de las comisiones universitarias puede ser discutido ya que, aunque desconozco quienes son los responsables directos en la UNIZAR,  es probable que haya buenos científicos entre ellos. Si eso es así, el hecho sólo tiene explicación en otra circunstancia también alarmante: la ausencia de compromiso con la ciencia. O dicho de otro modo, la renuncia a la razón de ser de la universidad en una sociedad como la nuestra. Esta suposicion se ve apoyada en que la vicerrectora que firmó el acuerdo con Boiron es catedrática de genética con lo que no se puede suponer que desconoce lo que está firmando.
Las consecuencias se verán a medio plazo pero mi impresión es pesimista ya que si se admite la homeopatía ¿por qué no otras cosas como la imposición de manos, el feng-shui o lo que se le pase por la cabeza a un patrocinador adinerado?
Será interesante ver el futuro de esta Cátedra ¿a quién van a poner al frente? ¿quiénes van a integrar su plantilla? ¿cuáles van a  ser sus líneas de investigación y sus publicaciones? Por el momento no se sabe nada salvo que su primer objetivo no va a ser investigar sino elaborar un Libro Blanco de la Homeopatía, es decir, algo no sujeto a los estándares de la publicación científica y que, de ser coherentes con los hechos verificables de esta pseudodisciplina, debería estar, literalmente, en blanco.

Posts relacionados 
Notas
1. Parece que Boiron tiene laboratorios en Madrid, Barcelona, Vizcaya y Alicante ¿cómo han acabado en Zaragoza? ¿propusieron el negocio a otras universidades y fue rechazado?
2. Por si alguien no lo sabe, que una universidad cree una cátedra en cualquier materia no significa que ésta consiga una homologación oficial. Que yo sepa y por el momento no existen títulos oficiales en España de ninguna pseudociencia.
3. Aunque creo que las firmas no valen para gran cosa, he firmado un manifiesto por una universidad libre de pseudociencias y oscurantismo, elaborado a raíz de hacerse pública esta cátedra.
4. ¿Quiere saber qué es la homeopatía, sus principios y sus evidencias? Toda la información en queesla homeopatia.com.

27 octubre 2010

[Breves] El barro rojo

Parecería que todo pasó, que fue un mal sueño, pero no es así.
En el jardín de su casa (Devecser), más fotos en este enlace

26 octubre 2010

Los 10 peores desastres de la historia de la ciencia

Me hago eco de un estupendo post de Eduardo en su blog La revolución naturalista. Recomiendo que le hagan una visita. Por mi parte reconozco que no tenía ni idea de los "desastres" 1 y 5 y desconocía bastantes detalles de algunos de los demás.

Demócrito

25 octubre 2010

Publicado un "ranking" de investigación de las universidades españolas

Pues eso, en la Universidad de Granada han hecho una valoración de la investigación en las universidades españolas atendiendo a sus publicaciones y su impacto y han publicado varios rankings al respecto, es decir, una serie de listas ordenadas. Para ello los autores utilizaron los indicadores siguientes:
  • NDOC: Número de documentos citables publicados en revistas indexadas en cualquiera de las categorías de los Journal Citation Reports
  • NCIT: Número de citas recibidas
  • H-INDEX: Índice H según la fórmula de Hirsch
  • 1Q: Porcentaje de documentos en el primer cuartil de cualquiera de las categorías de los JCR
  • PCIT: Promedio de citas por documento
  • TOPCIT: Porcentaje de documentos altamente citados (aquellos situados en el percentil 0,90 según el número de citas)
Estos indicadores, algunos muy correlacionados con el tamaño de la institución, se procesan y combinan con una metodología que se explica en este documento. El resultado es un llamado Institutional Field Quantitative-Qualitative Analysis Index (IFQ2A), que se presenta para diferentes campos científicos.
En los listados finales se han eliminado una parte de las universidades analizadas, en concreto aquellas que están en el último cuartil en documentos publicados.
El resumen de posiciones se encuentra en este documento y los datos básicos pueden descargarse en forma de hoja de cálculo (xls, 1.8 Mb). Finalmente, en esta página pueden desplegarse unos magníficos gráficos por campos científicos para los periodos 2000-2009 y 2005-2009.
¿Un resumen rápido? Las universidades mejor colocadas son  la Universidad de Barcelona, la Universidad Autónoma de Barcelona y la Universidad Autónoma de Madrid. De la mía podemos decir que se afianza sólidamente como la mejor de la Comunidad Autónoma de Extremadura  :-P
Gráfico para las ciencias biológicas con las etiquetas para mi universidad de origen (Oviedo) y la actual.
Realmente no tengo opinión sobre este índice ni sobre la idoneidad de los indicadores. Es bueno, sin duda, que no se considere solamente el número de publicaciones pero no tengo tan claro el efecto de incluir todos los indicadores mencionados, ya me dirán su opinión.
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