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08 septiembre 2013

Cómo hacer y difundir modelos 3D interactivos

Hemos publicado un artículo donde explicamos como hacer modelos tridimensionales de piezas arqueológicas (o lo que sea, claro) e incrustarlas en un PDF. Con este procedimiento se consiguen documentos que puedes enviar por internet donde el usuario puede ver las piezas, rotarlas, ampliarlas o reducirlas, hacer secciones en cualquier plano y lugar, medir dimensiones, cambiar la iluminación... Para todo esto basta con leer el citado PDF con Acrobat Reader. Pongo el enlace abajo, los interesados podeis descargar el ejemplo para ver las posibilidades de esta técnica.
Importante: es necesario descargarlo y abrirlo con Adobe Acrobat Reader ya que los otros visores de PDF (incluidos los de los navegadores) no interpretan los objetos 3D.

Artículo completo en Technical Briefs in Historical Archaeology (Society for Historical Archaeology).
Ejemplo para descargar (22.4 MB).

Resumen en inglés:
Three-dimensional (3-D) laser scanners build 3-D models of objects and have direct application in the cataloging of artifacts and in archaeological documentation. Some low-cost scanners are suitable for small objects because the scanners have high accuracy and the ability to capture color and textures. This paper provides the workflow and the steps needed to scan small objects using a low-cost scanner, to build textured 3-D models, and to transmit these models embedded in portable document format (PDF) files. The proposed procedure permits interaction with objects in various ways, including making measurements and building sections. The results enable the dissemination of high-precision interactive models, readable with free software, thereby facilitating the study of the metric and morphological features of archaeological objects.
Two views of gabbro adze with double-bevel polished edge from the dolmen of Guadancil 1, Garrovillas de Alconétar (Cáceres, Spain), 2012 season. Scale in centimeters. (Photo by ÁMF, 2013.)

05 marzo 2012

Vacunas y autismo, una relación inventada

Estos días vuelve a la escena el supuesto problema de las vacunas y sus consecuencias para la salud infantil. Traigo un post de hace dos años, modificado y completado, que escribí cuando la revista The Lancet retiró el artículo que había dado origen a todo, publicado nada menos que en 1998 y titulado Ileal-lymphoid-nodular hyperplasia, non-specific colitis, and pervasive developmental disorder in children. En ese artículo se relacionaba (o no, veremos después) la vacuna triple vírica con el autismo. Diez de los trece firmantes ya se habían desvinculado del trabajo años atrás (¿por qué habían firmado?) y los tres restantes fueron sometidos a una investigación.

Sus problemas comenzaron cuando en el año 2004 un periodista se puso a rebuscar y denunció que los niños participantes en el estudio habían sido seleccionados por los abogados de una pareja que quería demandar a los fabricantes de la vacuna triple vírica. Estos mismos abogados también habían contratado al autor principal, Andrew Wakefield, para confirmar la relación entre la vacuna y la enfermedad.

A raíz de esas denuncias, el General Medical Council de Gran Bretaña inició una investigación cuyas conclusiones se hicieron públicas muy tarde, a finales de 2010. Se verificaron problemas de tipo diverso que llevaron a concluir que la conducta de Wakefield había sido "deshonesta e irresponsable". El artículo original aún puede encontrarse, por si alguien tiene curiosidad, aquí sin figuras o aquí completo en formato PDF.

The Lancet es una de las revistas médicas más importantes del mundo, con un factor de impacto de 28, y también una de las más antiguas ya que fue fundada en 1823.
Leyendo el artículo me llama la atención la enorme repercusión que tuvo (motivó un fuerte descenso en la vacunación en Gran Bretaña y sirvió de argumento para grupos antivacunación en los EE.UU. donde este movimiento es bastante potente). El motivo de mi asombro es, sobre todo, porque el artículo presenta problemas de fiabilidad enormes. Por ejemplo, el número de niños que fueron examinados: doce. Sí, doce, once de ellos varones y una chica, con edades entre los 3 y los 11 años. Se supone que estos chicos aparecieron por el servicio de gastroenterología con una historia similar: habían tenido un desarrollo normal inicial y una fuerte regresión posterior (que incluía la pérdida del lenguaje) junto con diarrea y dolores abdominales. Los niños fueron sometidos a un montón de pruebas: colonoscopias, biopsias, resonancias magnéticas, electroencefalografías, punciones lumbares... A partir de eso, los autores concluyeron en su artículo (ahorro un par de párrafos no relacionados con el autismo; los enlaces y las cursivas son míos):
La aparición de los síntomas de comportamiento estuvo asociado, según los padres, con la vacuna del sarampión, paperas y rubeola en ocho de los doce niños, con una infección de sarampión en uno más y con una otitis en otro. Los desórdenes de comportamiento incluyen autismo (en nueve de los niños), psicosis desintegrativa (en uno) y una encefalitis, posiblemente postviral o postvacunación. 
Y en la discusión se dice lo siguiente:
No podemos probar la asociación entre la vacuna y el síndrome descrito. Hay estudios virológicos en marcha que pueden ayudar a resolver este asunto. Si hay una relación causal entre la vacuna y el síndrome podría constatarse una creciente incidencia de este tras la introducción de la vacuna en UK en 1988. Las publicaciones existentes son insuficientes para demostrar cambios en la incidencia o en una relación con la vacuna.
Y ya está. Eso es todo. Visto hoy es incomprensible el impacto del artículo en la sociedad por varios motivos. El primero es que el estudio se hace con una muestra minúscula desde cualquier punto de vista y además claramente sesgada, no aleatoria. El segundo es que en el artículo no aparece ninguna evidencia de asociación entre la vacuna y los síntomas infantiles. El tercero es que la sospecha de la relación causal vacuna-autismo viene exclusivamente de "impresiones" de los padres.
¿Por qué publicó una revista como The Lancet un trabajo que, a todas, luces, era deficiente?

En la investigación tras la denuncia del periodista aparecieron otros detalles inquietantes. Por ejemplo, en el artículo se afirma que los problemas de los niños comenzaron unos días después de recibir la vacuna, pero una revisión de los archivos del hospital reveló que varias de las familias habían comunicado los problemas antes de la fecha de vacunación. También se encontró que parte de los fondos fueron utilizados para fines diferentes de los declarados (aunque no para lucro personal), motivo por el cual la conducta de Wakefield se declaró "dishonest" y "misleading". Finalmente, se confirmó que los niños fueron sometidos a pruebas invasivas cuya justificación era dudosa y para algunas de las cuales Wakefield carecía del preceptivo permiso de la comisión de ética de su institución. Lamentablemente, la comisión investigadora también llegó a la conclusión de que Wakefield manifestó una "total indiferencia por el sufrimiento y el dolor que sabía o debería haber sabido que los niños podían sufrir" con ese pruebas.

Acabemos, mucho más brevemente, con una segunda noticia sobre otro trabajo titulado Independent and dependent contributions of advanced maternal and paternal ages to autism risk. Aquí han utilizado una muestra "algo" más amplia: 4 947 935 casos. Teniendo en cuenta que la prevalencia del autismo es baja, esta muestra parece algo más adecuada que la anterior. Los autores, de la Universidad de California, hicieron un seguimiento de esos casi 5 millones de niños desde su nacimiento encontrando con algo más de doce mil manifestaron síntomas de autismo. Los resultados más importantes fueron que se encontró una relación entre las edades de los padres y la prevalencia del trastorno. En concreto, la edad materna está asociada con el riesgo de tener un niño autista, mientras que la edad del padre lo está solamente cuando la madre es mayor de 30 años. El riesgo crece rápidamente, un 18% por cada cinco años de edad materna.

El autismo sigue siendo un trastorno de causa desconocida y además hay una discusión sobre si su incidencia está o no creciendo o, en su caso, hasta qué punto. Algunos estudios afirman que la prevalencia del trastorno se ha multiplicado por diez en la última década en EE.UU. Otros indican que este crecimiento es un efecto de que el diagnóstico no se hace siempre con criterios coherentes, que estos no son fáciles de aplicar y que actualmente se incluyen bajo dicha denominación cuadros que antes no se consideraban. A falta de mejores cifras, me quedo con las de la OMS:
La prevalencia del autismo varía considerablemente en función del método de identificación de los casos, oscilando entre 0,7 y 21,1 por 10 000 niños (mediana de 5,2 por 10 000), mientras que la prevalencia de trastornos del espectro autístico se calcula que es del orden de 1 a 6 por 1000.
Lamentablemente, la desidia y la resistencia a la vacunación dejan ver sus efectos en España, donde vacunarse es un derecho y no una obligación. El resultado es el resurgimiento de algunas infecciones víricas como el sarampión, perfectamente prevenibles. Como argumento gráfico les dejo la evolución del sarampión en los EE.UU. en las últimas décadas.

La vacuna contra el sarampión comenzó a administrarse en 1964 en EE.UU (la licencia se obtuvo en 1963).
El número de casos está expresado en miles.
La viruela se declaró erradicada del mundo en 1980. El sarampión podría también ser erradicado ya que los humanos somos el único reservorio del virus. Lamentablemente habrá que esperar a que un grupo de irresponsables se entere del daño que está haciendo. Sobre su dimensiones, la OMS comenta que en el año 2008 el sarampión provocó unas 164000 muertes, la mayoría de niños:
En los países en desarrollo, entre el 1% y el 5% de los niños con sarampión mueren a causa de las complicaciones provocadas por la enfermedad. Esta tasa de mortalidad puede ascender hasta el 25% entre las poblaciones desplazadas, malnutridas y con acceso deficiente a la atención de salud. El sarampión puede ocasionar también graves complicaciones de salud como neumonía, encefalitis, diarrea aguda y ceguera.

09 noviembre 2011

Carta al editor de mi artículo

Revisando ficheros perdidos he encontrado una documento cuyo origen no recuerdo. Tras algún retoque me ha parecido adecuado mostrárselo. El caso es que acabo de retirar un artículo de una revista después de cuatro (4) años de re-revisiones y de acordarme de los antepasados cercanos y lejanos de un par de personajes. Tras unas cuantas increíbles anécdotas he decidido enviarla a otra revista diferente comenzando el proceso de "peer review" de nuevo. Esta carta me sirve de desahogo (infantil, ya lo sé) pero apuesto a que más de uno se siente identificado.

Estimado editor:
Adjunto la última versión del manuscrito 1011-2213, es decir, la re-re-re-revisión de nuestro trabajo original. Hemos vuelto a reescribir el manuscrito completo, de principio a fin, otra vez más. Incluso hemos cambiado el título corto, algo muy importante para usted, parece ser. Espero que ya hayamos sufrido lo suficiente para satisfacer sus instintos y los de sus revisores sedientos de sangre.
Voy a omitir la habitual respuesta punto por punto de todos los cambios que hemos hecho ya que, después de todo, está bastante claro que sus revisores están menos interesados en los detalles del procedimiento científico que en la solución de sus problemas de personalidad y frustraciones sexuales. Bajo ese punto de vista sí se explica su búsqueda obsesiva de algún tipo de alegría demente mediante el ejercicio sádico y arbitrario del poder sobre los autores que caen en sus garras.
De todas formas, entendemos que usted de cobijo a los psicópatas misántropos de su consejo editorial y los mantenga ocupados ya que si no estuvieran distraídos destrozando artículos probablemente estarían en las calles asaltando ancianas o en el ártico matando bebés foca.
También le aviso que sobre algunos comentarios de los revisores no podemos hacer nada. Por ejemplo, C sugiere que varios de mis antepasados recientes no son humanos y ya es demasiado tarde para cambiar esta situación. Lo mismo es aplicable a las estimaciones de B sobre mi cociente intelectual. Otras sugerencias sí han podido ser incluidas y sin duda el artículo ha mejorado sustancialmente. Por ejemplo, B sugirió acortar el manuscrito de las catorce páginas originales a menos de seis. Lo hemos conseguido de manera muy eficaz alterando los márgenes de impresión y usando una fuente diferente, mucho más pequeña. Estamos de acuerdo con usted en que el artículo es mucho mejor ahora.
Con el revisor A teníamos un problema desconcertante pero también hemos podido solucionarlo. Como recordará (es decir, suponiendo que se haya molestado en leer las críticas antes de redactar su previsible carta de rechazo) dicho revisor lista 16 obras que, según él, debíamos citar en nuestro documento. Estas obras tratan sobre temas diversos y sólo tienen en común dos cosas: que ninguna de ellos tiene relación con nuestro trabajo (por ejemplo, el ensayo sobre la Guerra Franco-Española en una revista de literatura) y que los 16 trabajos son del mismo autor. Suponemos que este autor es alguien profundamente admirado por el revisor A, que cree que ha sido injustamente tratado por la historia y debe ser más ampliamente reconocido. Para gestionar esto hemos modificado la introducción y añadido, después de la revisión de referencias relevantes, una subsección titulada "Referencias irrelevantes" que trata sobre estos artículos y algunas de las sugerencias igualmente estúpidas de las otras críticas.
Esperamos que usted esté ya satisfecho con esta revisión y que, finalmente, reconozca la urgencia que merece su publicación. Si no es así le diré que es un monstruo sin escrúpulos, depravado y sin pizca de decencia humana. Es más, debería estar en una jaula y su descendencia ser el blanco de la próxima ronda de chistes étnicos. Si lo acepta, sin embargo, quiero darle las gracias por su paciencia y sabiduría a lo largo de este interminable proceso y expresar nuestra admiración por su buen hacer académico. Para devolverle el favor estaríamos encantados de revisar algunos manuscritos para usted, especialmente si son de alguno de los revisores mencionados.

Fuente: Genomic Enterprise
Y esto ya es mío: recuerden, si les toca el papel de revisores, que cualquier cabestro malintencionado es capaz de destruir un buen artículo pero suele hacer falta un buen científico para hacer uno.

15 octubre 2011

[Breves] Mapas y gráficos de tu actividad científica

La figura de abajo muestra la localización geográfica de los autores que han citado alguna de mis publicaciones en revistas científicas (sólo las incluidas en el JCR). Este mapa y otros gráficos pueden elaborarse en la web  ResearcherID Labs. No hay una forma evidente de hacerlo pero para eso estamos: copia el texto siguiente en el navegador:
http://labs.researcherid.com/mashlets/rid/index.jsp?rid=xxxx
y sustituye "xxxx" por tu ResearcherID.

Mapa de citas según ResearcherID Labs.

18 enero 2011

Los wikis ¿una herramienta eficaz de difusión de la ciencia?

Hace tres años, al comienzo de 2008, comenzamos un proyecto que nos encargó la Oficina Española de Cambio Climático. Se trataba de estimar mediante modelos matemáticos qué podría pasar con la vegetación española ante diversos escenarios de cambio climático.
El esquema es, en principio, simple: supongan que un bosque aparece a media ladera en varios lugares de una cordillera. Analizando el clima nos damos cuenta de que la zona donde aparece ese bosque coincide con bastante fidelidad con una combinación de temperaturas máximas menores de 25ºC (límite inferior en altitud) y mínimas superiores a -5ºC (límite superior en altitud). Si un modelo de cambio climático señala que las temperaturas máximas aumentarán 2ºC y las mínimas se reducirán 3ºC (incremento de la continentalidad por tanto), la consecuencia previsible es que el bosque reducirá su extensión porque el límite inferior subirá en altitud y el superior bajará estrechando la zona compatible.
Basándonos en este método, en el proyecto se planteó este análisis para un par de centenares de especies de flora española (peninsular, las islas no entran) para las cuales miraremos las zonas de distribución actual, sus posibles modificaciones futuras y, consecuentemente, delimitaremos zonas críticas, porcentajes de cambio, vulnerabilidad, etc.
Lógicamente, la cosa es algo más compleja que lo escrito arriba. Sólo en cuanto a los métodos estadísticos posibles llevamos trabajando tres años en nuestro grupo, realizando ensayos controlados con una docena de opciones y analizando los resultados para descartar algunas y usar otras.
Asimismo, no evaluamos nada sobre la exactitud o no de los modelos de cambio climático, no es nuestro tema. Nosotros solo estimaremos qué cambiaría en la vegetación si ciertos cambios climáticos se produjeran, no valoramos qué cambios, en su caso, son más probables.

Pinos en una ladera en Alhama de Aragón
En fin, el caso es que el proyecto ha generado un montón de información que será editada próximamente como un libro y su correspondiente PDF libremente accesible. Asimismo, todos los datos y resultados están disponibles para su descarga en internet. Y finalmente hemos construido un wiki con el proyecto, que es lo que hoy quiero comunicarles.
La idea surgió en las reuniones con el personal del Ministerio donde se planteó la conveniencia de hacer público todo el proyecto por medios más ágiles y baratos que la publicación convencional.
El wiki parecía una herramienta adecuada para conseguir esa difusión. Hoy está casi terminado por lo que les invito a visitarlo y a hacer los comentarios que les parezcan pertinentes en este blog. Lamentablemente no hemos podido abrir el wiki a la edición pública como está la Wikipedia porque hemos sido víctimas de un par de impresentables que intentaron borrar páginas, introducir publicidad, etc. y no tenemos tiempo ni ganas de estar recuperando copias de seguridad. Por eso lo de los comentarios en el blog o en mi correo personal (arriba a la izquierda).
Uhmm, se me olvidaba lo más importante, esta es la dirección:
Si le echan un vistazo me gustaría saber su opinión sobre el uso de este recurso para difundir proyectos. Yo creo que podría usarse para hacer una versión comprensible de cada proyecto pagado con dinero público y que podría ser una exigencia en las convocatorias.

15 diciembre 2010

Cómo citar en los trabajos científicos

Siguiendo con la pequeña serie de posts dedicados a la bibliografía científica, comentaré hoy algunos detalles sobre las citas y referencias en artículos, tesis y demás. Son cosas que muchos encontrarán evidentes pero que nunca está de más dejar por escrito.
Como podemos ver en cualquier trabajo publicado en una revista científica, más o menos al final aparece un apartado titulado Referencias o Bibliografía donde, según el asunto tratado, pueden aparecer desde unas pocas a varias docenas de documentos. Una referencia típica sería:
Effler, S.W. (1988) Secchi disc transparency and turbidity. J. Environ. Eng., 114 (6): 1436-1447.
Donde ya vemos el tipo de información que se suministra: autor, año de publicación, título del trabajo, nombre de la revista (en este caso abreviado), volumen y número (entre paréntesis), página inicial y final... La idea es que exista toda la información necesaria para que otra persona tenga una referencia inequívoca del trabajo citado y puede localizarlo sin errores.
En este post describiré algunos detalles sobre cómo citar trabajos de otros autores en un documento científico propio. Como existen varias formas de hacerlo, veremos las variantes más comunes aunque es seguro que habrá que cambiar detalles según en qué revista vayamos a publicar. Por ejemplo, en la referencia anterior el nombre de la revista aparece en letra cursiva, algo habitual pero que no todas las revistas aceptan.
En cualquier caso, las ideas generales son aplicables a todo trabajo científico por lo que serán útiles para cualquier tipo de redacción, desde un artículo a una tesis doctoral.

En la biblioteca de la Universidad de Coimbra
¿Qué es una cita?
Una cita es una nota donde damos los datos de una publicación de otro autor de la cual hemos tomado ideas, datos o conclusiones de utilidad para desarrollar nuestro propio trabajo. Las citas a publicaciones ajenas son lógicas ya que nuestro trabajo no se desarrolla de forma aislada e independiente del resto de la comunidad científica sino que debe apoyarse en lo ya hecho por otros.
En el estado actual de la ciencia y técnica, ni siquiera una idea revolucionaria puede exponerse sin citas a documentos externos.
¿Por qué citar?
Un trabajo sin citas suele ser síntoma de dos problemas:
  • el autor no conoce lo que el resto de la comunidad científica ha hecho en su tema de investigación. Esto supone un riesgo cierto de repetir lo ya hecho y de resolver problemas que hace tiempo están ya solucionados. Se ha hecho relativamente famoso el caso de M. M. Tai, un médico que descubrió y publicó "un modelo matemático para la determinación del área total bajo las curvas de diferentes estudios metabólicos". Léanlo en Redescubriendo la sopa de ajo.
  • el autor conoce lo que han hecho los demás lo oculta y lo escribe como si fuera de desarrollo propio.
En el primer caso, el trabajo será probablemente de baja calidad ya que la figura del investigador competente pero aislado informativamente del resto de la comunidad no existe. En el segundo caso se está cometiendo plagio, figura que puede ser perseguida legalmente y que, en el mejor de los casos, supone el descrédito el investigador que lo realiza.
Incluso desde un punto de vista egoísta, citar de forma juiciosa es beneficioso: una buena selección de referencias garantiza al lector que se ha realizado una revisión del "estado del arte“ en el tema tratado y lo coloca con un ánimo favorable ante el trabajo, cuestión especialmente importante cuando el lector es un revisor y nuestro objetivo es publicar en una revista.
¿Cuándo citar?
Siempre que se tome un dato, una idea o cualquier otro tipo de información de un trabajo ajeno debe citarse la fuente. Esta conducta no sólo debe seguirse en la realización de artículos o tesis doctorales sino en cualquier otro trabajo científico o técnico incluyendo, cómo no, apuntes de clase del profesor y trabajos de asignaturas de alumnos: todo trabajo se apoya en una enorme cantidad de esfuerzo previo de otros autores y es honrado reconocerlo explícitamente.
Sin embargo, no hay que citarlo todo. La cita no debe hacerse cuando la argumentación es obvia o lo que se presenta ha pasado a formar parte de los conocimientos generales dentro de la especialidad. No tiene demasiado sentido escribir
—"La refracción de la luz (Newton, 1671) es el principio de los objetivos ópticos fotográficos“.

¿Qué tipos de documentos se citan?
Es posible citar cualquier documento aunque lo más frecuente es citar artículos de revista y, con frecuencia decreciente libros, comunicaciones en congresos, tesis doctorales, informes técnicos, mapas e incluso trabajos inéditos. Recientemente se han hecho frecuentes las citas a documentos localizables solamente en direcciones de Internet.
Es importante distinguir entre cita de fuentes primarias y de fuentes secundarias. Una cita primaria se hace a partir de la obra original mientras que una cita secundaria se hace copiando la referencia de un segundo autor que cita al primero. Lógicamente, hay que huir de las citas secundarias porque no responden a un examen directo de la obra original y son fuente continua de malentendidos y errores. La norma, por tanto, es que toda cita debe responder a un examen del documento real: no se deben citar documentos que no se hayan visto. Realizar una cita secundaria debe ser el último recurso y antes deben hacerse todos los esfuerzos posibles por localizar la obra original y trabajar sobre ella.
¿Cómo citar?
La norma básica es que todas las referencias (las que aparecen en el listado del final) deben estar citadas en el texto principal. La inversa es también obligatoria: siempre que se cita en un texto, la referencia correspondiente debe figurar en el apartado final. Debe haber, por tanto, una correspondencia estricta entre las citas en el texto y las Referencias.
A la hora de elegir los estilos de cita y referencia existen dos normas básicas (UNE 50-104-94 e ISO 690:1987) pero nadie les hace el más mínimo caso porque las revistas científicas suelen tener normas propias (generalmente más elegantes aunque el contenido sea similar). Por ejemplo, el Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE) edita varias revistas científicas cuyas normas están disponibles en una Guía de estilo completa. La forma de hacer las citas y referencias ocupa bastantes páginas que comienzan en la 5 (Editing References).
La cita dentro del texto
El sistema de cita más habitual (y cómodo) es el llamado de autor/fecha. Según la redacción del párrafo se hará de alguna forma de las siguientes:
  • ... el mejor resultado fue obtenido por Robertson (1999), que encontró un error de 3.5 m.
  • ... el mejor resultado fue un error de 3.5 m (Robertson, 1999).
Si hay más de un autor se siguen normalmente las reglas siguientes:
  • dos autores: ... según Longman y Butfield (1998) ...
  • tres autores o más: ... según Eatsman et al. (1997) ...
Es decir, para tres autores o más, en la cita del texto sólo se especifica el primer autor seguido de "et al." en letra cursiva (del latín et alii, y otros). Sin embargo, en la referencia deben figurar todos los autores. En este sistema, las referencias estarán ordenadas alfabéticamente y si un autor tiene más de una se ordenarán éstas por fecha, de más antigua a más reciente.
Otro sistema bastante utilizado es representar cada cita por un número correlativo entre corchetes. En este caso, las citas tendrían la forma:

  • ... el mejor resultado fue un error de 3.5 m [1].
  • ... en [1] se muestra el mejor resultado: un error de 3.5 m.

Lógicamente, en este caso las referencias al final estarán ordenadas de acuerdo con el número de cita.
En trabajos de ciencia y tecnología no es costumbre incluir las referencias bajo la forma de notas a pie de página ni utilizar abreviaturas que, sin embargo, son ampliamente usadas en otras disciplinas ( op. cit. , ibidem ., etc.)
Tampoco es frecuente introducir textos largos de otros autores en nuestro propio trabajo. En cualquier caso, si se reproducen textos ajenos esta reproducción deberá ser literal (exacta y sin cambios) y se hará entre comillas o en letra cursiva. Siempre debe quedar claro qué parte del texto es original nuestra y qué parte es una copia de otros. Finalmente, en el caso de Tesis Doctorales y otras monografías de investigación considero una buena práctica especificar la página en la cual se ubica la cita que se hace de la forma siguiente:

  • ... este concepto se define por primera vez en Kekill (1979:116).

Este ejemplo dirige al lector directamente a la página 116 del libro de Kekill, donde decimos que hemos localizado la definición. En el caso de no especificar la página nos veríamos obligados a revisar el libro hasta encontrarla.
La referencia
En el apartado de Referencias, todas las obras citadas en el texto principal estarán con sus datos completos ordenadas alfabéticamente por el apellido del primer autor o por orden de cita, según qué sistema se use.
Existen muchos estilos para elaborar las referencias aunque la información es siempre muy similar. A la hora de publicar en una revista tendremos que adaptarnos a las normas que nos digan, algo bastante enojoso porque todas suelen diferir en algún detalle. Para facilitarnos la tarea de gestionar la bibliografía y de interactual con el procesador de textos es muy importante usar desde el principio un gestor bibliográfico. Puedo recomendar tres, bastante diferentes:
  • Endnote, de pago pero muy completo, incluyendo conexión con bases de datos para localizar y descargar referencias. Tiene incluidos los estilos de cientos de revistas para una maquetación automática.  
  • Mendeley, gratuito y muy rompedor en muchos de sus detalles, incluyendo la posibilidad de compartir bases de datos en internet. 
  • Zotero, también gratuito y cada vez más usado. Yo aún no lo he probado pero como mucha gente lo recomienda aquí les pongo la referencia. 

19 noviembre 2010

¿Cómo y dónde encuentro artículos científicos?

Es necesario que en todo trabajo de investigación estemos al día de los avances que se hayan producido en nuestro campo. Cuando hablamos de trabajos de investigación nos estamos refiriendo a muy diversos tipos de documentos pero, sobre todo, a artículos publicados en revistas. Nuestros propios artículos deberán citar los trabajos previos de otros siempre que sean relevantes pero, lógicamente, antes de llegar a eso habrá sido necesario buscarlos y encontrarlos. El problema que intentaremos solucionar en este post es ¿cómo localizo artículos de buen nivel para ir formando un archivo bibliográfico?

¿Dónde debo mirar?
Los trabajos de investigación con los últimos avances se publican mayoritariamente en revistas especializadas y en inglés. En menor medida (depende de las áreas) pueden encontrarse en las publicaciones que recogen las comunicaciones de congresos y ocasionalmente bajo la forma de libros.
En este último caso hay que tener en cuenta que la escritura y publicación de un libro es una tarea que necesita un mínimo de dos o tres años; por este motivo los libros son obras que comunican conocimientos consolidados más que los últimos avances en el campo que se trate. Estos avances vamos a encontrarlos, sobre todo, en revistas.


¿Cómo localizo las revistas científicas?
Afortunadamente, en los últimos años la práctica totalidad de revistas de cierto nivel está en Internet con texto completo. Incluso aunque no podamos acceder al trabajo en su totalidad, sí podremos a los índices y a los resúmenes. La mayoría de las revistas son editadas por un número limitado de empresas editoriales especializadas o puestas en Internet por “mayoristas“ de la publicación. Los sitios de este tipo más importantes son los siguientes (algunos enlaces pueden cambiar con el tiempo):
Estos lugares ofrecen un listado de todas las revistas disponibles, alfabético o por temas, así como métodos de búsqueda dentro de las revistas. Usaremos los buscadores para localizar artículos de interés para nuestro trabajo mediante palabras clave, nombres de autores, etc.

Cómo buscar
Lo primero que hay que tener claro es qué se quiere buscar exactamente. Las búsquedas generales generan listados de cientos o miles de documentos que son completamente inútiles. Es preferible, por tanto, definir la búsqueda mediante palabras clave específicas y claras. Por ejemplo “cartografía“ no es una palabra adecuada ya que es excesivamente genérica (además de estar en español). Localizar las palabras clave adecuadas puede ser una tarea complicada por lo que, si hay dudas, lo mejor es buscarlas en los artículos que ya tengamos en el fondo documental.
Una vez definidos los criterios de búsqueda basta con introducirlos en los buscadores que se han mostrado antes; por ejemplo, en la página de ScienceDirect:


Con un poco de paciencia podremos localizar artículos que responden a nuestras palabras clave y que pueden aparecer en diversas revistas. Veremos que las consultas devuelven trabajos interesantes en revistas que, en principio, no miraríamos. Lo que ya no será siempre posible es el examen del texto completo del artículo ya que salvo excepciones están sujetos a suscripción. Una de estas excepciones es el conjunto de revistas publicadas por la Public Library of Science, de acceso abierto:
¿Cómo consigo el trabajo?
No sirve de mucho tener una amplia colección de referencias si no se consiguen (y leen) los trabajos originales. La forma más habitual es usar internet en los enlaces de arriba para acceder a las revistas en su versión digital pero hay otras formas alternativas en caso de emergencia o de trabajos antiguos. Les comento un par por aquello de tener un plan B en caso necesario:
  • localizar físicamente la revista en REBIUN y pedir fotocopias y/o un favor
  • buscar el texto en Internet
  • pedir el trabajo al autor
  • utilizar las suscripciones personales o de organismos de investigación
REBIUN rs el acrónimo de Red de Bibliotecas Universitarias. A través de un buscador se puede localizar la revista que nos interesa (no un artículo) y dónde está, es decir, qué universidad española tiene una suscripción a la revista en cuestión bien en papel, bien electrónica.
En el catálogo colectivo se localizará la revista tecleando el título (en minúsculas). Por ejemplo, “photogrammetric engineering“ (para localizar Photogrammetric Engineering & Remote Sensing):
Lo cual nos devuelve, entre otras pocas cosas:

Pinchando en la penúltima entrada, que refleja el nombre de la revista, nos saldrán las universidades que tienen la revista en sus bibliotecas y donde tendremos que buscar la que más nos interese para conseguir el trabajo.

En internet
La tercera opción es localizar la separata con su texto completo en Internet; esto es posible a veces con los trabajos recientes y más difícil con los trabajos antiguos. Para buscarlos se teclea el título completo entre comillas en un buscador como Google. Hay trabajos que están puestos por los autores en sus páginas o en las de sus grupos (en mi grupo lo hacemos así) o aparecen en versiones casi definitivas en lugares como arXiv.org, un gran repositorio de preprints.

Peticiones al autor
La última opción, que no es excluyente con algunas anteriores, es solicitar directamente el artículo al autor. Antes se tenía que hacer por correo postal así porque en internet no había nada. Enviabas una postal y era un ritual estar atento al correo diario a ver si te llegaba algún sobre, cuanto más voluminoso mejor. Hoy todo va en PDF y mucho más rápido, claro. El caso es que podemos tener noticia de algún trabajo publicado en una revista a la que no tenemos acceso. Lo más simple es escribir al autor y pedirle el PDF. La experiencia muestra que la respuesta a estas solicitudes es de casi el 100%. Finalizamos con unas reglas mínimas. El correo estará redactado habitualmente en inglés. La redacción será correcta y educada; no es habitual entre la comunidad científica un tratamiento excesivamente formal pero no está de más ser prudente; así, será preferible dirigirnos con un ”Dear Dr. Fisher‘ que con un ”Hi, colleague!‘
Si es posible, se ofrecerá algún trabajo propio que pueda interesarle; aunque no es obligatorio hacer esto, normalmente es muy bien recibido. Tampoco estará de más explicar un poco en qué trabajamos y cual es nuestro interés en sus artículos.

14 noviembre 2010

Cosas sobre el fraude en la publicación científica (2)

Continuación del post con el mismo título de hace unos días. Algunos ejemplos ya fueron tratados en este blog en entradas específicas (como el de las bayas de Goji , el de Merck y el de Elsevier).

Publicación reiterada
Consiste en la publicación, en parte o en su totalidad, de un artículo ya publicado en otra u otras revistas. Como anécdota, asistí a un tesis donde el curriculum del doctorando contenía una docena de "publicaciones". Aparte del detalle de que estaban mezcladas las comunicaciones en congresos y los artículos de revistas, la materia era exactamente igual. El personaje se había paseado por medio mundo con el mismo material y había logrado colocarlo en una decena de congresos. Finalmente, consiguió también publicarlo en dos revistas no indexadas. Los títulos eran muy similares, iguales en ocasiones. Cuando le pregunté por el asunto se mostró muy sorprendido porque eso pudiera considerarse un problema ético. Lo más interesante es que creo que era sincero.
La publicación del artículo duplicado (o más) se realiza por los mismos autores y sin el conocimiento de los redactores de las revistas implicadas. Normalmente las revistas prohíben expresamente que un trabajo se envíe a revisión a dos o más revistas simultáneamente y más aún que haya sido ya publicado. Un caso más difícil de valorar es cuando un trabajo se publica en un congreso y posteriormente en una revista. En estos casos hay que verificar que la revista admite esa publicación anterior, cosa que algunas hacen y otras prohíben expresamente. Personalmente entiendo que no hay fraude si la revista está avisada de la existencia del congreso y el autor es transparente respecto a esa circunstancia con el editor. Nosotros tenemos un caso propio que se publicó inicialmente en español en una revista no indexada y luego enviamos una versión en inglés (eso sí, corregida y aumentada) a una revista internacional. El editor y los revisores estuvieron al tanto de la jugada y no hubo problemas al respecto (también se dice en el artículo expresamente).

Publicación salami
Fragmentación de lo que debería ser un único artículo en dos o más partes buscando la "unidad mínima publicable" y con ello la máxima eficacia en número de artículos. Conste que yo prefiero artículos cortos y monotemáticos. Recientemente hemos publicado uno largo y complejo (Photogrammetric Engineering & Remote Sensing, noviembre 2010) y no me apetece repetir la experiencia. Por eso justifico que un tema complicado se divida en dos o más partes, aunque solo sea para que los golpes de los revisores te lleguen del mismo lado cada vez y sean más fáciles de encajar. En cualquier caso es el editor el que debe valorar si la división en partes está justificada y deben ser publicadas independientemente.

El revisor hostil en plena faena
Publicación de mala calidad
Cara 1: la ciencia puede ser negocio.
Aceptando que no me caen nada bien, entiendo que es el caso del Wessex Institute of Technology, que se ha especializado en la organización de congresos, docenas al año y no precisamente gratis. Precios para un congreso en Alicante el próximo año (ver): tarifa normal, 1380 euros; reducida para autores, 980 euros; estudiantes no autores, 500 euros (estos sin derecho a recibir el libro del congreso). Lógicamente, si te apuntas al asunto, tendrás que añadir el desplazamiento, alojamiento, comida...
El WIT es un ejemplo de un buen negocio montado sobre la necesidad de publicar. Pero ¿cómo puede ser que con ese coste el WIT cada vez organice más congresos, año tras año? Hay un par de hipótesis. La primera es que hay autores con mucho dinero disponible, lo cual es una parte de la verdad. La segunda es que hay que publicar cueste lo que cueste, literalmente hablando, y sea lo que sea. Y eso nos lleva a la segunda cara del espectáculo.

Cara 2: la basura también es publicable.
Los trabajos valiosos, definiendo como tales a aquellos que suponen un pequeño avance en el conocimiento no son un porcentaje alto del total. En el resto abundan los trabajos que repiten técnicas ya conocidas o investigaciones ya realizadas variando los escenarios experimentales. Aportan información escasa pero no falsa. Sin embargo existen trabajos que no aportan absolutamente nada a lo ya conocido. No son fraudulentos sino simplemente muy malos y serían normalmente impublicables. En este contexto se acuñó el término spamference uniendo los términos spam y conference, una de las forma de denominar los congresos en inglés. Se trata de congresos basura que pueden tener un comité científico para selección de los trabajos pero donde, en la práctica, todos son aceptados. Explicación 1: un trabajo rechazado supone una pérdida de dinero directa porque los autores no se inscribirán. Explicación 2: ¿cómo voy a decirle a fulano, que viene representando a zutano (o al grupo X o a la universidad Y) que su trabajo es impresentable? ¿Y si se molesta? Hay ejemplos notables de esta práctica y de sus variantes. En un caso reciente (del año pasado) se celebró un congreso en España donde pagar la inscripción era una condición previa para enviar un trabajo. Probablemente se aceptaron todos. En otro caso recomendé la no publicación de dos de las cuatro comunicaciones que me enviaron a revisar porque faltaba información esencial. Sin más explicación, ambos fueron aceptados. No hace falta decir que tengo a dicho congreso (bianual) en la lista negra.

¿Qué es una publicación basura?
No sería un fraude sino simplemente eso, una basura. Una PB no aporta nada a lo ya conocido, suele estar mal elaborada, con una deficiente revisión bibliográfica, llena de citas espurias, tomadas por los pelos e incluidas sólo para rellenar el apartado de referencias. Frecuentemente la introducción y los antecedentes están copiados de otro porque cuesta trabajo hacerlos (supone un ejercicio de reflexión y síntesis). Finalmente los resultados son mínimos y la discusión inexistente.
Las PB se hacen normalmente por dos motivos: porque el autor no da para más o porque hay que publicar a toda costa ante algún acontecimiento próximo.
Como consecuencia, las spamferences están causando un grave daño a la credibilidad de los congresos y afectando a las valoraciones curriculares. De hecho, en muchas áreas los congresos no puntúan en el curriculum, sólo las publicaciones en revistas. Hay congresos realmente serios, donde incluso sólo se seleccionan veinte o treinta de los cientos de comunicaciones presentadas, en una especie de oposición donde ganan los mejores. Pero no todo es así.

Caso 3: el caso chino de revistas ad-hoc
La mayoría de los artículos publicados en las más de 5000 revistas de investigación publicadas en China no son ni citados, ni siquiera leídos, por otros científicos (chinos y no chinos). China ya es el segundo productor mundial de publicaciones (en número) tras EE.UU. Un estudio del gobierno chino ha descubierto que los artículos científicos publicados en revistas chinas tienen un grave problema: son muchos y son muy malos (la brecha entre calidad y cantidad es muy grande).

Revisores amigos y revisores hostiles
La tarea de revisar un artículo es dura por varios motivos. El primero es que hay que leerlo en profundidad, sin dejar escapar ningún detalle importante. El segundo es que probablemente tengamos que ponernos al día y leer y asimilar aún más cosas que el artículo a revisar. Lo tercero es que lleva tiempo y normalmente no lo tenemos previsto en nuestra agenda. Finalmente, tienes una responsabilidad porque estás juzgando si un autor publica o no y eso puede ser muy importante para él. Todo esto ha llevado a que los revisores escaseen y las revistas te pidan cada vez con más frecuencia que propongas tres o cuatro que puedan revisar tu trabajo. Esta práctica lleva al primer abuso en la revisión: proponer revisores que nos deben un favor (a veces el mismo) o que son amigos con el fin de obtener una evaluación positiva del trabajo.
La otra cara de la moneda son los revisores hostiles: se trata de revisores que dilatan sus informes durante meses y/o se oponen a su publicación con argumentos caprichosos o falaces.

El caso del doctor Pitufo (caso real sin resolver)
After reading the comments of Dr. Pitufo we cannot agree with the suggestion to make a new major revision of the paper by the following reasons.
Dr. Pitufo pointed out two main concerns in his 2009 revision of the paper, and recommended a major revision to address them, which at that time and according to his review, were the problems impeding its publication.
Those two issues were addressed as requested in two months, when the manuscript, greatly modified and improved thanks to his review, was returned to the journal. As requested by Dr. Pitufo, the new manuscript was greatly different from the original one (the analyses were carried out again), and a new statistical method was included (Obviously, the modifications also consider the suggestions made by the other referee).
More than a year after, Dr. Pitufo recently sent his new review, in which he does not acknowledge the changes done according to his previous review, and worst, raise totally new concerns, not exposed previously to the same paper, and again he recommends a new "major revision"; it seems as he did not realize that he had already reviewed this manuscript. We cannot agree with his decision, as some of the problems he raises are incorrect or irrelevant for the scientific value of the paper, and others are personal opinions, sometimes contradictory, again unrelated to the scientific value of the paper. We have been discussing the problems he mentions in his review (by crossing several telephone calls and e-mails) but we have reached deadlock.
This month it is 3 years since the original manuscript was sent to your journal. It has been improved substantially, thanks especially to Cr. Pitufo's review, but this paper is a clear example of that it is impossible that authors and reviewers agreed at 100% in every detail of a manuscript. Papers must be evaluated with regard the scientific value of their findings, and if they are methodologically sound, but it is not fair that their publication is delayed indefinitely by worthless, idiosyncratic details regarding the scientific value of the manuscript.
Consequently, and after doing every modification requested by the reviewers, completely rewrite the paper, answer the last comments by Dr. Pitufo (see below), and include the Editor's modifications, we would like to ask you for a decision about the publication of the paper, or if it would be finally rejected. Obviously, the manuscript still can (and ought to) be improved on request.

Conflicto de intereses
Ocurre cuando la investigación está financiada o intervenida de alguna manera por empresas o instituciones con intereses potenciales en los resultados. Por ejemplo, si una empresa farmacéutica financia un ensayo clínico de un producto propio o este es realizado por personal de la empresa. El que exista un conflicto de intereses no implica fraude pero en el artículo deben presentarse explícitamente todas las circunstancias que puedan generar sospechas sobre la limpieza en el proceso. Actualmente, casi todas las revistas obligan a rellenar y firmar un apartado sobre conflictos de intereses antes de aceptar un artículo. Por ejemplo, en PLoS ONE siempre figuran párrafos al respecto:

Funding: This work was supported by the National Natural Science Foundation of China (30970307) to S.L.C. and the National Key Technology R&D Program in the 11th Five-Year Plan of China (2007BAI27B01) to J.Y.S. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.
Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

Ejemplo 1: el caso de la bayas de goji
Los artículos sobre los benéficos efectos de las bayas de goji están monopolizados por un autor llamado Harunobu Amagase. En estos artículos, la filiación y financiación suele aparecer al final, por ejemplo:
All financial support was obtained from FreeLife International LLC in Phoenix, Arizona. The corresponding author is a member of FreeLife's Independent Scientific Advisory Board. The first author (HA) is an employee of FreeLife International. The second author (BS) performed the clinical study in China funded by FreeLife.
Entrando en la web de Freelife International (http://us.freelife.com/) vemos que está especializada en productos pseudomédicos donde, entre otros, aparecen las mencionadas bayas de goji bajo la marca registrada GoChi.

Ejemplo 2: Merck y el rofecoxib
Merck (http://www.merck.com/) es una gran empresa farmacéutica cuya fundación se remonta a 1891. Ha hecho grandes cosas como, por ejemplo, iniciar en 1987 el Mectizan Donation Program mediante el cual proporciona gratuitamente 68 millones de dosis anuales de ivermectina, el único medicamento efectivo contra la filariasis linfática y la oncocercosis, dos enfermedades producidas por gusanos parásitos que afectan a decenas de millones de personas en el mundo. Pero no todo es así.
Merck ha sido acusada de usar autores fantasma para mostrar resultados favorables a uno de sus medicamentos, un analgésico llamado rofecoxib (comercializado como Vioxx y Ceoxx). La estrategia fue omitir nombres de autores ligados a la industria farmacéutica añadiendo el de otros que, en realidad, no habían trabajado en el artículo. De esta forma, la implicación de Merck en el ensayo clínico se ocultaba. Joseph S. Ross, del Hospital Monte Sinaí, lo ha resumido contundentemente:

La idea de una compañía farmacéutica dirigiendo un ensayo clínico donde sus propios empleados lo diseñan, analizan los datos y escriben el artículo para luego, al final, contratar autores académicos para poner su nombre en el documento y dar un sello de supuesta autenticidad es algo escandaloso.
Ross es el primer autor de un trabajo donde analizaron un par de cientos de artículos relacionados con el medicamento y publicados entre 1996 y 2004. Encontraron ensayos clínicos en cuyos borradores el primer autor era un empleado de Merck. A la hora de publicarse en revistas científicas, en 16 de 20 artículos este autor desapareció de ese lugar, que fue ocupado por un académico externo. El equipo de Ross encontró "escasa evidencia" de que esos autores académicos hubieran estado realmente involucrados en la investigación que firmaban pero sí localizaron evidencia de que habían sido pagados por aceptar su autoría, frecuentemente en solitario.

Ejemplo 3: el caso de las revistas falsas
Elsevier, un mayorista de la publicación científica, ha editado siete publicaciones entre 2000 y 2005 con apariencia de revistas médicas estándar (sometidas a revisión por pares) pero que presentan una característica única: fueron patrocinadas por empresas farmacéuticas cuyo nombre se ocultó en las publicaciones.
Como ya se ha dicho, la práctica honrada es que cuando hay un potencial "conflicto de intereses" en una publicación, éste se haga público para que los lectores lo tengan presente. Aplicado al caso: si una empresa me paga por hacer un análisis sobre las bondades de uno de sus productos, independientemente de que las conclusiones sean buenas o malas, la subvención debe hacerse explícita en los artículos que se escriban. En estas revistas esto nunca se hizo.
Elsevier está llevando a cabo una "revisión interna" tras una denuncia que afectaba a la revista Australasian Journal of Bone and Joint Medicine, financiada por la empresa farmacéutica Merck y cuyos artículos y revisiones presentan, en su mayoría, datos favorables para los productos de la farmacéutica sin aclarar su patrocinio económico.
Las otras 6 publicaciones sometidas a inspección, aunque se desconocen los patrocinadores (Elsevier no ha querido dar la información), son: Australasian Journal of General Practice, Australasian Journal of Neurology, Australasian Journal of Cardiology, Australasian Journal of Clinical Pharmacy, Australasian Journal of Cardiovascular Medicine y Australasian Journal of Bone & Joint. Como puede verse, todos los casos se han producido con revistas editadas en Australia.
En el caso de la revista pagada por Merck, que ya ha dejado de publicarse, los números contienen solamente reimpresiones de artículos o resúmenes, sin que aparezcan artículos originales ni menciones a la financiación. La impresión que da es, claramente, de una estrategia de propaganda. The Scientist señala que obtuvo dos ejemplares de la revista. De los 21 artículos del primer número, 4 se refieren a un medicamento llamado Fosamax. En el segundo, 9 de 29 son sobre Vioxx y 12 más sobre Fosamax. Vioxx fue retirado por Merck debido a sospechas sobre problemas cardiovasculares.
Algunos de los artículos "de revisión" sólo tienen una o dos referencias con lo que se vio que se trataba en realidad de resúmenes y no de auténticas revisiones del estado de la cuestión.

Para finalizar: el problema de la detección del fraude
La detección del fraude es difícil en el contexto de la publicación actual por varios motivos, entre los cuales destacaría los siguientes.
  • los revisores de los artículos no se plantean si los datos son reales o no: se supone que lo son. Sólo se proponen revisar las novedades del artículo, lo adecuado de la metodología, lo correcto de las conclusiones...
  • algunos revisores pasan bastante de su tarea y no examinan a fondo los trabajos que les llegan, lo que facilita que no se publiquen solamente los buenos trabajos.
  • los tramposos existen y existirán porque de las publicaciones se deriva la promoción profesional, la financiación y el prestigio.
  • los trabajos científicos han llegado a un grado de sofisticación elevado de forma que ningún revisor puede detectar el fraude a primera vista si el artículo está bien cocinado técnicamente.
Por ejemplo, si aparecen unas fotografías de electroforesis en gel como las de la figura de arriba, el revisor no puede saber si reflejan realmente los resultados de la prueba; ni siquiera puede saber si el aparato estaba correctamente calibrado, si los "gusanitos" de gel no estaban contaminados o caducados, si las condiciones ambientales de la prueba eran las correctas... Por defecto, y no hay otra posibilidad, supondrá que todo estaba bien.

10 noviembre 2010

Cosas sobre el fraude en la publicación científica

Un post en Amazings me ha animado a publicar una serie de articulillos sobre la publicación científica y sus aledaños, incluyendo el fraude, las búsquedas bibliográficas y cosas así. Los textos están adaptados de una asignatura de libre elección que decidí preparar hace unos pocos años para contar aquello que a mí me hubiera gustado que me contaran en la carrera y que me hubiera facilitado un poco las cosas más adelante. El post de hoy va de fraude. En otros momentos seguiremos con temas diferentes.
Actualmente existe una necesidad creciente de publicar para mantenerse en el empleo, ganar prestigio o acceder a puestos superiores en el escalafón universitario. Aunque debemos suponer que la inmensa mayoría de la producción científica está generada por gente honrada, es relativamente frecuente el descubrimiento de fraudes de mayor o menor gravedad.
Los fraudes en las publicaciones son normalmente discretos aunque existen casos especialmente graves. Ejemplos con descaro creciente:
  • el "leve" retoque del dato inconveniente que molesta porque no confirma la hipótesis; no se inventa nada pero se quita aquello que estorba.
  • la ocultación de información estadística relevante que debería darse para saber si los resultados son realmente consistentes; por ejemplo, el tamaño de la muestra, los intervalos de confianza para los estadísticos...
  • la invención de datos para conseguir un resultado al que no se puede llegar a tiempo.
¿Cómo se pueden llegar a publicar artículos falseados? ¿No se supone que hay filtros para evitar el fraude? Yo creo que la clave está en quién hace la trampa y sobre qué. A los tramposos podemos dividirlos a grandes rasgos en dos grandes grupos: los malos y los buenos.
A los malos (cutres) se les nota porque el arroz está poco hecho o se les ha pasado. Normalmente saben poca estadística y un revisor atento puede notar que su trabajo huele mal porque los datos y los análisis son, en menor o mayor medida, inverosímiles. Los “buenos” son otra cosa. Sus recetas son tan buenas que sólo cuando otros equipos se ponen a repetirlas aparece el problema: nadie es capaz de llegar a sus resultados.
Lo del tema va por otro lado: cuando el trabajo es irrelevante el fraude no se detecta porque no le interesa a nadie. Aunque el trabajo queda escrito para siempre, poca gente lo revisará y menos aún, probablemente nadie, le dará importancia. En cambio, cuando el tema es importante es irremediable que el fraude se note más bien temprano que tarde.

Hwang Woo-Suk en épocas felices
Pongamos un ejemplo; en la sección Letters de la revista Science (año 2002, número 298, página 961) se publica lo siguiente:
Retraction:
Zhenan Bao, Bertram Batlogg, Steffen Berg, Ananth Dodabalapur, Robert C. Haddon, Harold Hwang, Christian Kloc, Hong Meng, and J. Hendrik Schön.
We are writing as coauthors on the following manuscripts published in Science, which were, in part, the subject of an independent investigation conducted at the behest of Bell Laboratories, Lucent Technologies. The independent committee reviewed concerns related to the validity of data associated with the device measurements described in the papers:
  • J. H. Schön, S. Berg, Ch. Kloc, B. Batlogg, Ambipolar pentacene field-effect transistors and inverters, Science 287, 1022 (2000) (siguen 7 artículos más)
As a result of the committee's findings, we feel obligated to the scientific community to issue a retraction of the above articles. We note that although these papers may contain some legitimate ideas and contributions, we think it best to make a complete retraction.
¿Qué significa lo anterior? La carta, firmada por 9 autores, comunica a los lectores que los artículos mencionados no deben ser tenidos en cuenta y que dichos autores los dan por no válidos. Esta carta fue publicada como resultado de una investigación sobre la corrección de una serie de resultados publicados en Science y otras revistas científicas. Un resumen de dicho informe reconoce haber encontrado casos de:
  • Manipulación de datos.
  • Exactitud no creíble de datos o resultados.
  • Resultados que contradicen conocimientos actuales ya consolidados.
Añade que los datos fueron inventados o manipulados por uno solo de los firmantes (J. H. Schön) pero el resto aceptó firmar los trabajos cuando apenas habían intervenido en ellos. La consecuencia es que se hicieron corresponsables de los contenidos y quedó claramente de manifiesto su falta de ética a pesar de no haber sido los autores del fraude principal.
Este tipo de conducta no ética está presente en una parte de los trabajos científicos. Algunos llegan a pasar los filtros y ser publicados incluso en revistas de gran prestigio, como es este caso.

Taxonomía del fraude
Tipos de fraude en el proceso de creación y publicación de artículos.
Invención
Es el caso del coreano Hwang Woo-suk, que se ganó espacio en todos los diarios en el año 2004. La reseña del caso es la siguiente.
A principios de 2004 un equipo de científicos del Corea del Sur dirigido por Hwang Woo-suk anunció que había conseguido por primera vez en la historia la clonación con éxito de embriones humanos. En mayo del 2005 anunciaron que habían conseguido clonar células troncales adaptadas a una persona determinada manipulando su contenido genético para hacerlas indistinguibles de las propias de la persona en cuestión.
En diciembre de 2005 comenzaron a circular rumores de que los estudios podían haber sido falsificados y en apenas unas semanas se confirmaba que habían sido un fraude. Hwang fue suspendido de empleo y sueldo, más tarde fue despedido de la Universidad de Seúl y finalmente fue procesado en un juicio que comenzó en junio de 2006. De ahí salió con dos años de cárcel por malversar fondos públicos (470.000 euros) y comprar óvulos humanos para sus experimentos (incluidos los dos chicas de su grupo), algo que las leyes de bioética del país no permiten,
El artículo principal se publicó en Science y fue retirado unos meses después.
¿Por qué hizo Hwang esta tontería? Ha circulado la hipótesis de que Hwang creía que estaba muy cerca, apenas a unas semanas, de conseguir el éxito. Al adelantarse en la publicación de resultados falsos pasaba por delante de otro grupo coordinado por Robert Lanza que estaba muy cerca también del buscado resultado. Hwang creía que tras publicar sus resultados falsos, el otro grupo que les pisaba los talones publicaría algo similar al poco tiempo quedando la técnica validada y él a un paso del Nobel.
El problema de Hwang es que ese grupo no publicó nada y él quedó en evidencia cuando se le pidieron pruebas y protocolos.

Manipulación de datos
Las variantes de las que conozco algún ejemplo son:
  1. Los datos experimentales existen pero los autores modifican los valores con el fin de obtener un resultado favorable a la hipótesis del estudio. Hay casos donde las medidas se duplican o triplican para aumentar el tamaño muestral y conseguir así diferencias estadísticas significativas. En otros se seleccionan sólo aquellos datos que se ajustan a la hipótesis y se eliminan los discordantes.
  2. Manipulación estadística: elegir solamente aquellas pruebas estadísticas que dan resultados acordes con nuestros intereses, por ejemplo, normalizar o no los datos, elegir pruebas paramétricas o no paramétricas según los resultados.
  3. Mala interpretación o interpretación abusiva: confundir deliberadamente causalidad con correlación, sacar conclusiones generales de casos particulares…
El caso Fleischman/Pons y su fusión fría es confuso ¿fraude o exceso de optimismo al interpretar los resultados?
Plagio
Consiste en la copia de ideas o frases de otros artículos, presentándolos como trabajo propio y original sin citar la fuente. Un caso real y vigente.
A.C. y otros autores envían una comunicación a un congreso internacional titulado, pongamos, Active contours for real time applications. Mientras esperan la revisión, reciben un artículo enviado a una revista del ramo para que hagan de revisores. El artículo se titula On real time active contours y está firmado por un tal C.J., profesor asociado en una universidad de Shanghai.
El caso pasó por varias etapas:

  • A.C. denuncia el plagio pero sin enviar el PDF de su artículo que estaba sujeto a embargo.
  • Los editores no se creen del todo y argumentan que tal vez pueda llegarse a las mismas conclusiones independientemente.
  • A.C. envía el PDF del congreso señalando la ausencia de la figura 7 y lo insólito de que un chino haga estudios sobre un tema inverosímil en China y bastante normal en España.
  • Los editores escriben a C.J. pidiendo explicaciones.
  • C.J. no contesta a ninguno de los correos.
  • Aparentemente el editor no toma ninguna decisión pero A.C. no vuelve a saber más de la cuestión; es de suponer que el proceso no seguirá adelante.

Asunto pendiente para reflexionar: ¿cómo llegó el trabajo de A.C. a manos de C.J.? Como final (?) curioso, hace muy pocos días A.C. recibe un correo de un investigador chino que le pide hacer una estancia n su grupo de investigación. El sujeto es doctor y el director de su tesis es, sorprendentemente, C.J.

Ausencia de aprobación del comité ético
Este tipo de casos pueden afectar a la investigación médica y a la que usa animales en la experimentación. Las investigaciones que afectan a seres vivos deben presentar sus protocolos experimentales y ser aprobados por comisiones éticas que valoran la pertinencia de los mismos. El caso de la falsa relación entre vacunas y autismo es un ejemplo de este tipo de mala conducta y tuvo como protagonista a un médico llamado Andrew Wakefield.
En este año 2010 se retiró un artículo publicado en 1998 en The Lancet donde se relacionaba la vacuna triple vírica con el autismo en niños. Diez de los trece firmantes ya se habían desvinculado del trabajo años atrás (¿por qué habían firmado?) y los tres restantes fueron sometidos a una investigación. Sus problemas comenzaron cuando en el año 2004 un periodista se puso a investigar y denunció que los niños participantes en el estudio habían sido seleccionados por los abogados de una pareja que quería demandar a los fabricantes de la vacuna triple vírica. Estos mismos abogados también habían contratado al autor principal, Andrew Wakefield, para confirmar la relación entre la vacuna y la enfermedad.
A raíz de esas denuncias, el General Medical Council de Gran Bretaña inició una investigación cuyas conclusiones se hicieron públicas en febrero de este año 2010. Se verificaron problemas de tipo diverso que llevaron a concluir que la conducta de Wakefield había sido "deshonesta e irresponsable".
El artículo tuvo una enorme repercusión en la sociedad impulsando un movimiento antivacunación en Gran Bretaña y en los EE.UU. Llama la atención que se basa en un número de niños minúscula: doce, once de ellos varones y una chica, con edades entre los 3 y los 11 años. Se supone que estos chicos aparecieron por el servicio de gastroenterología con una historia similar: habían tenido un desarrollo normal inicial y una fuerte regresión posterior (que incluía la pérdida del lenguaje) junto con diarrea y dolores abdominales. Los niños fueron sometidos a un montón de pruebas: colonoscopias, biopsias, resonancias magnéticas, electroencefalografías, punciones lumbares...
En la investigación tras la denuncia del periodista aparecieron detalles inquietantes. Por ejemplo, en el artículo se afirma que los problemas de los niños comenzaron unos días después de recibir la vacuna, pero una revisión de los archivos del hospital reveló que varias de las familias habían comunicado los problemas antes de la fecha de vacunación. También se encontró que parte de los fondos fueron utilizados para fines diferentes de los declarados. Finalmente, se confirmó que los niños fueron sometidos a pruebas invasivas cuya justificación era dudosa y para algunas de las cuales Wakefield carecía del preceptivo permiso de la comisión de ética de su institución. Lamentablemente, la comisión investigadora también llegó a la conclusión de que Wakefield manifestó una "total indiferencia por el sufrimiento y el dolor que sabía o debería haber sabido que los niños podían sufrir" con esas pruebas.

Autoría ficticia
Los autores de una publicación científica son los que redactan el original y contribuyen sustancialmente al desarrollo de la investigación. Sin embargo es práctica común el incluir a otras personas que no cumplen estos requisitos dándose el fenómeno conocido como autoría regalada, honoraria o ficticia. El regalo de la coautoría se utiliza para recompensar algún favor, como forma de halagar a un superior, o como derecho arrogado por el jefe del departamento donde se realiza la investigación; también puede darse el intercambio reciproco de autorías en otros artículos.
Hay casos que se agravan debido a una relación laboral poco equilibrada que conlleva indefensión. Por ejemplo, un proyecto fin de carrera especialmente brillante es modificado o maquillado y presentado posteriormente por el tutor como propio (caso real).

Seguimos el próximo día con las publicaciones duplicadas (o más), con los casos de revisores no precisamente imparciales y con conflictos de intereses.

15 agosto 2010

Jesucristo cura pero sólo gripes, no septicemias

¿La Biblia como fuente de información paleopatológica? ¿O tal vez una oportunidad de publicar ahorrándose el trabajo que supone hacer un artículo normal? Esto fue lo que intentaron Kam L.E. Hon (con un correo de hotmail) Pak C. Ng y Ting F. Leung (estos de la Chinese University of Hong Kong), autores de Influenza or not influenza: Analysis of a case of high fever that happened 2000 years ago in Biblical time. Traduzco parte del resumen:
La Biblia describe el caso de una mujer con fiebre alta que fue curada por nuestro Señor Jesucristo. Basándonos en la información provista por los evangelios de Marcos, Mateo y Lucas, discutimos el diagnóstico de la afección febril. [...] la mujer con fiebre en la Biblia es una de las más tempranas descripciones de la gripe humana.
Verán que las descripciones en las que se basan Honel y colegas para aventurar un diagnóstico son un prodigio de exactitud y de detalles; según su artículo, su análisis se basa en las siguientes líneas:
Mateo 8 14 Vino Jesús a casa de Pedro, y vio a la suegra de éste postrada en cama, con fiebre. 15 Y tocó su mano, y la fiebre la dejó; y ella se levantó,y les servía.
Marcos 1 30 La suegra de Simón estaba con fiebre, y se lo dijeron.31 Jesús se acercó, la cogió de la mano y la levantó. Se le pasó la fiebre y se puso a servirles.
Lucas 4 38 Cuando Jesús salió de la sinagoga, se fue a casa de Simón, cuya suegra estaba enferma con una fiebre muy alta. Le pidieron a Jesús que la ayudara 39 así que se inclinó sobre ella y reprendió a la fiebre, la cual se le quitó. Ella se levantó en seguida y se puso a servirles.
El artículo es muy breve (dos páginas) pero aún así podemos disfrutar de comentarios memorables como estos:
Lucas no cuantifica la fiebre ya que la escala Fahrenheit de temperaturas no fue inventada hasta 1724.
La Biblia describe que cuando Jesús tocó a la mujer la fiebre desapareció instatáneamente lo que probablemente supone que la enfermedad no era una infección bacteriana aguda severa (como una septicemia) o una endocarditis subaguda ya que estas no pueden ser curadas instantáneamente.
Otra consideración que podríamos tener es que la enfermedad fuera causada por un demonio o diablo. [...] En nuestro caso la influencia demoníaca no ha sido establecida y la mujer no tenía convulsiones aparentes o sintomatología residual [que la sugiera].
Esta basura fue publicada en la revista Virology Journal en junio de este año y retirada hace un par de días tras sufrir una oleada de quejas y sarcasmos. La retirada del artículo era previsible pero su publicación no ya que pasó los filtros que supuestamente están ahí, precisamente, para evitar que aparezcan tonterías en revistas serias. Los editores deberían, en mi opinión, acompañar la rectificación con los comentarios de los revisores para que nos pudiéramos hacer una idea de las razones de la publicación y, ya de paso, meterlo en la lista negra de gente incapacitada para revisar más artículos.

24 junio 2010

Especial de Nature sobre el mal de Chagas

Nature publica un suplemento de acceso libre sobre el mal de Chagas. Traduzco el párrafo de presentación:
El mal de Chagas es un de las más olvidadas enfermedades tropicales aunque existen millones de personas infectadas. Sólo hay dos fármacos para su tratamiento, ambos con más de 40 años de existencia y ninguno idóneo. Según la movilidad de la población ha aumentado en el mundo, la enfermedad de Chagas se ha extendido desde América Latina hasta convertirse en una amenaza general. Este suplemento expone avances en la comprensión y el tratamiento de la enfermedad de Chagas tras 101 años de historia y destaca los desafíos que aún deben cumplirse.
Según la OMS:
El mal de Chagas es una enfermedad grave, en ocasiones mortal, causada por el protozoo parásito Trypanosoma cruzi. Sus primeros síntomas son fiebre, fatiga, inflamación de los ganglios y dolor cardiaco, pero con el paso de los años la infección puede provocar una debilitación crónica resultante de la destrucción del músculo cardiaco. Se registra principalmente en América Latina, donde se estima que durante el decenio de 1980 estaban infectados más de 20 millones de personas.
Es posible pedir un ejemplar impreso gratuitamente y hay un foro público para comentarios.
Dos posts en este blog sobre enfermadades olvidadas:
Uno de los vectores de la enfermedad es este insecto hematófago de nombre Triatoma infestans

21 junio 2010

Un solo artículo multiplica por 20 el factor de impacto de una revista

La revista que está en segundo lugar de acuerdo con el factor de impacto en la categoría "ciencia" es Acta Crystallographica - Section A. Esta revista tenía hasta ahora valores de FI entre 1,5 y 2,5 pero en esta edición ostenta un espectacular 49,9 ¿qué ha pasado?
No es un error sino que en el año 2008 publicó un artículo titulado A short history of SHELX firmado por George Sheldrick de la Universidad of Göttingen. En dicho artículo se hace una revisión del desarrollo de SHELX, una aplicación informática usada para el análisis de moléculas, cuya primera versión se escribió allá por 1970. Un artículo de 10 páginas con una estructura inusual (Introducción, Discusión y Conclusiones) que ha sido citado las veces que ven abajo: 6606 (según el ISI). Le harán un regalo supongo.

18 junio 2010

Aquel artículo en PLoS ONE

Hace casi dos años hicimos una apuesta algo arriesgada: publicar un buen trabajo en una revista sin factor de impacto llamada PLoS ONE. El artículo es de acceso libre y publiqué en este blog una versión comentada de su origen, elaboración y resultadosen tres partes bajo en título común Cómo se hizo "Las pardelas tienen GPS pero no le hacen caso". Dediqué la primera parte a debatir sobre la revista y su política de publicación. Luego entré a explicar el artículo en dos partes más: el espacio y el tiempo.
Los motivos de enviar el artículo a PLoS ONE fueron dos, uno altruista y otro egoísta. El que suena mejor es el primero, claro: todas las revistas de la Public Library of Science son de acceso abierto. La licencia es Creative Commons Attribution, lo que significa que todo el mundo (literalmente) puede leer los artículos gratuitamente y hacer con ellos lo que quiera (trabajos derivados, por ejemplo) sin más requisito que citar a los autores. Es gratis para todos menos para los que publican, que debemos pagar una cantidad no despreciable. Echando cuentas, sin embargo, llegas a la conclusión de que es más barato pagar tú por que pongan tu artículo en abierto que la alternativa de una revista que sólo puede ser leída por suscripción, algo que no todos se pueden permitir.
El segundo motivo es menos guay: pensamos que el acceso libre supone un mayor número de citas potenciales. Es posible que tu artículo no sea citado por nadie o tal vez sólo por tí mismo (vean Ciencia oscura) pero al menos que no sea por estar en una revista inaccesible.
PLoS ONE no tenía factor de impacto y había dudas de que llegara a tenerlo porque parecía que la revisión no era especialmente fuerte ya que se sólo se rechaza un 30-35% de los artículos enviados y el número de artículos publicados es elevado: 2700 en el 2008 y casi 4000 en el 2009. Se asumía que si los artículos eran suficientemente citados eso era un indicador de que el nivel era adecuado para una revista científica "seria".
El tiempo ha confirmado esa cuestión y hoy PLoS ONE aparece en la última edición del JCR (Journal Citation Reports) con un factor de impacto de 4,35. El JCR es esa lista de revistas chachis donde es obligatorio publicar para que tu curriculum investigador tenga una pátina de respetabilidad (con razón o sin ella, que eso es otra cuestión).
Según SCImago, PLoS ONE ha acumulado 3979 citas en los últimos tres años para un total de 1306 artículos.
Nube de etiquetas de PLoS ONE (hecha con Wordle)

30 mayo 2010

España en la ciencia mundial: síntesis "h"

En SCImago se presentan estadísticas globales sobre la ciencia en el mundo que son difíciles de extraer de otras fuentes. Con los datos que nos dan es posible ubicar a todos los países en una escala de influencia científica y no sólo de producción. ¿Cómo se miden ambas cosas? La producción es un parámetro simple: número de artículos publicados en revistas científicas.
La mayor novedad de SCImago es que también valora la influencia de dichos artículos ya que cabría la posibilidad de que un país publique mucho pero luego esos trabajos no sean tenidos en cuenta por el resto de la comunidad científica; por ejemplo, lo que se publica en chino difícilmente llegará más allá de sus propias fronteras. También es posible que una producción alta sea irrelevante por dedicarse a temas de interés local o por tratarse de "ciencia oscura" (ver referencia abajo).
SCImago usa el índice h para valorar esa influencia, algo que ya se había aplicado anteriormente a los investigadores de forma individual. El índice h valora la cantidad de artículos que alcanzan un número determinado de citas mediante un convenio curioso: si h = 100 significa que ese país tiene 100 artículos que han llegado a las 100 citas cada uno; si h = 185, ese país tiene 185 artículos con al menos 185 citas cada uno. Con este índice es inútil publicar mucho si no te cita nadie y, por otra parte, subir su valor es cada vez más exigente ya que pasar de 100 a 101 exige un artículo nuevo con 101 citas y que los que antes tenían 100 (uno al menos) recoja una cita más.
¿Dónde está España con este criterio? Abajo tienen unas cifras mínimas pero hay que hacer la salvedad de que deben tomarse con precaución ya que h no es un índice aséptico a la hora de comparar países porque está correlacionado con el tamaño de la población científica. Lógicamente,  Les recomiendo que jueguen un poco con la página para ver si su disciplina favorita está mejor colocada que la media y cómo a evolucionado en el tiempo. Les hago un mínimo resumen con datos para el periodo 1996-2008:
  • España está a nivel general en el duodécimo puesto mundial, con h = 338; por número de publicaciones estamos en el noveno puesto, con 448240, lo que es indicador de una cantidad excesiva de artículos poco relevantes.
  • Por disciplinas, mejoran la situación general en más de un puesto las siguientes (entre paréntesis figura el puesto): ingeniería química (7), matemática (8), artes y humanidades (9), ciencias ambientales (10), física y astronomía (10), veterinaria (10).
  • Y empeoran la situación media: negocios y gestión (19), ingeniería (17), energía (16), salud (15), ciencias de los materiales (14).
Para realizar una comparación teniendo en cuenta el tamaño del país habría que considerar también el número medio de citas por artículo. Aunque aquí salen cosas muy raras con los países muy pequeños, en la lista de los grandes España desciende al vigésimo puesto más o menos, por detrás del resto de países europeos con las excepciones de Portugal, Grecia e Irlanda en cuanto a la Europa de los 15.
O sea, que ya sabemos qué disciplinas hay que cuidar para que no pierdan su puesto privilegiado, ganado a costa de trabajo y no necesariamente de inversión. No las machaquemos porque, por ejemplo, tengan pocos alumnos. El resto deberíamos dedicarnos a hacer investigación de calidad y no cantidad, aunque la meritocracia científica en este país aún no se basa en índice h ni en número de citas sino en el montón de artículos que tengas, aunque luego sólo sean citados por el propio autor.
Artículos relacionados: Ciencia oscura.
¿Quieren saber cuánto invierte cada país en ciencia? Miren aquí y tendrán una idea.

Aplicando el índice h a las revistas no hay sorpresas: Nature gana(599) seguida de cerca por Science (583) y, algo más alejadas, New England Journal of Medicine (497) y Cell (431).

23 marzo 2010

Medical Hypotheses, una revista científica sin revisión y sus consecuencias

Ya saben ustedes que para publicar en una revista científica hay que pasar por un filtro que se ha denominado "revisión por pares". Tu artículo será sometido a crítica por dos o tres revisores, supuestamente conocedores del tema y que, no lo dudes, te buscarán las cosquillas. Un trabajo nuestro fue sometido a siete (7) revisores, menos mal que uno no contestó y sólo hubo que ocuparse de seis. Pero bueno, a lo que iba. La revisión por otros científicos no es la panacea y tiene sus luces y sus sombras pero hasta el momento, aunque todos hemos sufrido los efectos de algún revisor psicópata, no parece que a nadie se le hayan ocurrido alternativas mejores.

Y en esto me entero de que hay una revista de las publicadas en Elsevier, una sola, donde los artículos no se someten a revisión y que, a pesar de todo, tiene factor de impacto reconocido (1,415). Se trata de Medical Hypotheses, que se define como lugar para "ideas radicales, especulativas y no convencionales" y donde la publicación o no de un artículo depende de la opinión de una sola persona: el editor de la revista Bruce Charlton.

Elsevier es uno de los grandes mayoristas de la publicación científica y responsable, entre otras revistas médicas, de The Lancet. Elsevier ha comunicado a Bruce Charlton que su contrato termina a fin de este año y que, mientras tanto, debería introducir algunos cambios en su política editorial (incluyendo la revisión externa) o dimitir directamente.

El detonante ha sido la publicación de dos artículos en el año pasado. Uno había sido presentado previamente a una revista especializada de alto impacto (Journal of Adquired Immune Deficiency Syndromes, FI: 4,57) donde fue rechazado por los cinco revisores a los que se envió y que dice que los datos médicos existentes no prueban que el virus haya matado masivamente en Sudáfrica. Ambos sostienen que no hay evidencia de que el SIDA esté provocado por el HIV.

Charlton aduce que publicó los artículos porque él es "agnóstico" respecto a las relaciones HIV-SIDA y que hay trabajos que aunque tal vez estén equivocados pueden mostrar puntos de vista interesantes para hacer pensar al lector. Curiosamente, el primer artículo se recibió el 3 de junio de 2009 y fue aceptado... el 3 de junio de 2009. El segundo se recibió el 9 de junio y fue aceptado el 11. Al menos, en este segundo, tal vez el editor llegó a echarle un vistazo.
Las reacciones no se hicieron esperar. La mayor parte de ellas inciden en que el artículo no es la exposición de una idea nueva o arriesgada, como se plantea la revista, sino pura basura ya que la relación HIV-SIDA está sólidamente establecida. Tras las críticas, Elsevier, la editorial de la revista, solicitó una crítica externa de los artículos por cinco revisores. El veredicto fue, de nuevo, unánimemente negativo, señalando que ambos artículos estaban plagados de errores y de interpretaciones deficientes. Charlton se negó a aceptar las revisiones indicando que Elsevier no tenía derecho a ponerse por encima de su decisión editorial y que la petición de retirada del artículo era consecuencia de las presiones del "AIDS stablishment". Elsevier retiró los dos artículos apoyándose en las críticas de los revisores y argumentando que existían datos falsos o inexactos cuya difusión supondría un riesgo para la salud.

Las consecuencias han sido, como ya comenté, la comunicación del fin del contrato del editor y muy probablemente la introducción de la revisión de los artículos que, independientemente de ser "arriesgados", contradigan conocimientos ya establecidos sin aportar pruebas que confirmen o apoyen sus afirmaciones. Hay que señalar que al menos uno de los artículos (el otro no lo he visto) no contiene "investigación original" ni datos nuevos sino comentarios e interpretaciones. El tema no es un debate sin más ya que la negación de las relaciones HIV-SIDA implica que hay gente que también negará la necesidad de la prevención y el tratamiento de la enfermedad, algo con consecuencias claramente letales.

Personalmente, creo que este es un debate que se repite en otros ámbitos: ¿cómo distinguir ideas innovadoras o revolucionarias de la pura basura? ¿debe permitirse en una revista científica la publicación de cualquier opinión "controvertida" como que la Tierra es hueca (o plana)?

Imagen de microscopio electrónico con virus HIV-1 (verde) sobre un linfocito en cultivo (imagen original)


Creo firmemente que no, que hay límites razonablemente claros entre ciencia especulativa y pseudociencia. La ciencia especulativa irá más allá de lo que se sabe con certeza pero no debe ser una "ocurrencia" tras una resaca. Si alguien afirma que el SIDA no tiene relación con el HIV debería hacerlo interpretando bien lo que se sabe y argumentando de forma verosímil; y si faltan datos debería proponer cuales son y como deberían recogerse. Por otro lado, una idea que contradice lo ya conocido debería estar bien argumentada, aunque sea una hipótesis arriesgada. Lo demás es solo ruido.

Aunque en el post no pretendo entrar en la polémica sino comentar el caso de los límites de la publicación científica, los artículos retirados por Elsevier circulan por la Red impulsados por movimientos negacionistas del SIDA. Por si quieren echarle un vistazo al más sonoro, aquí lo tienen:
Peter H. Duesberg, Joshua M. Nicholson, David Rasnick, Christian Fiala, Henry H. Bauer, 2010. HIV-AIDS hypothesis out of touch with South African AIDS – A new perspective
Y, desde el otro lado, una crítica del artículo anterior mostrando sus deficiencias argumentales:
Claus Jensen, Deconstructing Duesberg. A Critique of HIV-AIDS hypothesis out of touch with South African AIDS – A new perspective.
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