13 noviembre 2006

El "crank" y su circunstancia

No se pierdan la entrada de Pedro Terán en su blog de títulos efímeros (y adaptables a las circunstancias del país). Aparte del propio tema, con el que me he reido un buen rato, da la definición de "crank", concepto para mí desconocido hasta ahora pero muy aplicable a todos aquellos iluminados que pretenden hacernos creer los secretos de la vida les han sido revelados sin haber dado un palo al agua: artífices del movimiento perpetuo, resolvedores de la cuadratura del círculo, descubridores de las incoherencias de la teoría de la relatividad en sus experimentos de cocina...

10 noviembre 2006

Publicaciones científicas gratis para países en desarrollo

Una iniciativa necesaria

Las revistas científicas suelen ser caras, a veces carísimas. Science y Nature son la excepción, probablemente con la ayuda de su gran tirada, y la cuota anual es de unos $6 por número (sólo $100 al año si nos limitamos a la edición digital de sus 54 números).
En el otro lado están revistas como el International Journal of Remote Sensing cuya suscripción supone más de 6000 € al año (¡más de 500 € el número!). Esto no lo puede pagar todo el mundo, obviamente, con lo que se crea un abismo entre los países con dinero abundante y los demás. Hacer ciencia no es necesariamente caro (no todo es “gran ciencia”) pero sí es imperativo tener acceso a la bibliografía en cada área lo que supone un gasto de fondo continuo con una productividad segura pero indirecta.
La solución ha sido, al menos para mí, una sorpresa y se llama OARE | Acceso en Línea a Investigaciones Ambientales.

OARE es un consorcio patrocinado por el Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA), la Universidad de Yale y un conjunto de 40 editoriales cientificas entre las cuales figura Elsevier, Blackwell, Taylor & Francis…

OARE se ha creado para permitir el acceso gratuito a unas 1000 publicaciones científicas desde un conjunto de países con muy bajo PIB per capita (<$1000). El listado incluye a Bolivia, Honduras y Nicaragua de los países de América Latina. El acceso desde estos países ya es efectivo desde el pasado octubre. El próximo año está previsto abrir el acceso a otros países “algo más acomodados” (entre $1000 y $3000 de PIB per capita) donde estarán Colombia, Ecuador, El Salvador, Guatemala, Paraguay, Perú y Cuba (esperemos que aquí no funcione el embargo). Para estos no será gratis pero se promete un bajo coste.
¿Qué hay que hacer? De acuerdo con las instrucciones de la página web:

Las instituciones que deseen acceder al texto completo de artículos y usar las herramientas de búsqueda en bases de datos para investigación de resúmenes e información deben registrarse con OARE para recibir una clave institucional de acceso. Una vez terminado el proceso de registro, todos los empleados, personal administrativo, docentes, administradores y estudiantes de la institución podrán usar la clave para acceder a los recursos de OARE. No hace falta una clave de acceso para acceder a los resúmenes de las publicaciones.
En resumen: una magnífica noticia.

Otras dos iniciativas similares:
Hinari (OMS, acceso a más de 3000 revistas en el área de la sanidad)
Agora (AFO, acceso a 900 revistas en el sector agrícola)

09 noviembre 2006

Recovecos de Internet

De protocolos e identificadores en Internet, más una sugerencia para bibliografías

Sí, hoy es un apunte tecnológico. Menos bonito que el Tassili de hace unos días pero tal vez útil. Los protocolos son a Internet más o menos como los idiomas al lenguaje: diferentes formas de transmitir información sobre un mismo canal de comunicación.
Así, todos usamos el protocolo http para “navegar” y poder leer, entre otras cosas, estas páginas. Los diferentes navegadores nos permiten la tarea sin saber en realidad absolutamente nada del funcionamiento interno del protocolo. Lo mismo ocurre cada vez que accedemos a los correos en el servidor de turno, para lo cual suele usarse un protocolo específico llamado POP3.
Otro ampliamente utilizado es el ftp, diseñado para la transferencia de ficheros entre ordenadores. Probablemente el ftp sea el que menos ha cambiado ya que esencialmente sigue siendo el mismo que hace 30 años sólo que ahora ya no se ejecuta necesariamente desde una ventana de texto sino que hay aplicaciones que nos facilitan la tarea.
Los usuarios de a pie ya no conocemos ni usamos protocolos que hace años eran de uso obligado, como el telnet, que permite acceder remotamente y en modo texto a otro ordenador. Telnet sigue operativo tanto en Windows como en Linux aunque el modo de trabajo original ha sido sustituido por alternativas más cómodas.
Hoy les comentaré brevemente un pseudoprotocolo que puede resultarnos útil en nuestro trabajo si estamos interesados en el acceso a documentos a través de la red. Aunque parezca aburrido no abandonen todavía.

Supongan que hay un trabajo en la revista Emerging Themes in Epidemiology que se titula Migration and health: fact, fiction, art, politics. Si yo quiero recomendarles que lo lean, la opción más habitual es decirles que accedan a

http://www.ete-online.com/content/3/1/15

Esto es el URL, que define dónde está el objeto al que queremos acceder. O más bien, donde estaba cuando se escribió la dirección porque puede haber cambiado. En ese caso recibiríamos el famoso “404 File not found”.
El problema es que el sistema basado en URL no identifica al objeto sino al lugar donde está almacenado y ese lugar no es permanente por lo que es inadecuado para citas académicas de documentos y cualquier otra que deba perdurar. Los enlaces rotos son, además de una molestia, un feo síntoma de falta de atención y mantenimiento. Este problema cada vez es más grave y ha sido objeto de artículos específicos (ver citas al final).


Para superar este problema podemos utilizar los DOI, siglas de Digital Object Identifier, un identificador único, público y persistente de cada “objeto” existente en la red.
Encuentro que este cambio de URL a DOI tiene su utilidad en los trabajos científicos y muy especialmente en las tesis doctorales y en los curricula, donde los tribunales deberían tener acceso directo a los trabajos citados. Una cita completa podría ser algo así:
Tam, Clarence C., 2006, Migration and health: fact, fiction, art, politics, Emerging Themes in Epidemiology, 3:15. [DOI:10.1186/1742-7622-3-15]
La primera parte identifica perfectamente el trabajo mediante los campos clásicos pero para localizar el artículo habría que invertir un buen rato rastreando la revista, el número, etc. En los tiempos que vivimos podemos facilitarle la jugada al lector y añadirle el DOI. Es más, si las tesis doctorales y los curricula comienzan a editarse y distribuirse en CD de una santa vez, el DOI podría ser utilizado directamente para acceder al trabajo desde el propio ordenador añadiéndole el enlace adecuado.
¿Cómo se hace eso? Pues hay dos vías equivalentes. La más simple es teclear

http://dx.doi.org/
seguido del DOI. La dirección URL pertenece a la IDF (International DOI Foundation) y resuelve el identificador llevándonos directamente al documento. Por tanto:

http://dx.doi.org/10.1186/1742-7622-3-15

les llevará al artículo antes mencionado.
Pero puede ser más cómodo y fácil todavía si usan Mozilla Firefox como navegador ya que hay un pequeño aditamento de apenas 4 kb que hace la función de evitar teclear el URL. Se llama Mozilla Handle/DOI Protocol Handler y sirve para que la cosa funcione utilizando directamente:

doi://10.1186/1742-7622-3-15

Por la expresión parecería que DOI es un protocolo, por eso comencé el post hablando del http, ftp.... En realidad no lo es, es sólo una especie de alias, pero nos da igual: es un recurso útil que se ha generalizado hasta el extremo de que CrossRef, por ejemplo, ha superado los 20 millones de DOI en apenas 6 años.
Yo he decidido, a partir de ahora, completar mis referencias, anímense. La mayoría de los que lo lean no sabrán qué es pero no importa, queda muy moderno :-p


Bibliografía sobre el “problema 404”

Wren, J.D. (2004) “404 not found: the stability and persistence of URLs published in MEDLINE” Bioinformatics, 20: 668-672. [http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btg465]

Lawrence, S. et al. (2001) “Persistence of Web References in Scientific Research” Computer, 34: 26-31. [http://dx.doi.org/10.1109/2.901164]


Actualización: otra opción que acabo de probar es añadir el buscador de DOIs a la barra de buscadores de Firefox que aparece en la esquina superior derecha del navegador. Para hacerlo sólo hay que cargar la extensión OpenSearchFox y, tras reiniciar el navegador, abrir la página http://dx.doi.org/, pinchar en la ventana de búsqueda con el botón derecho y elegir "Añadir buscador OpenSearch". El resultado es un nuevo "motor de búsqueda":


07 noviembre 2006

Rematando la faena

O cómo barrer una cultura del mapa y de la historia.

Hay formas de destruir un país. Una bastante eficaz es bombardear las infraestructuras de comunicación, los centros de producción de energía y los hospitales. El daño es enorme pero no es completo. Tan importante como lo anterior, o más, es destruir la cultura, las raíces y la historia.
En Iraq la eficacia es impresionante ya que el saqueo del Museo de Bagdad fue inmediato tras la entrada de las tropas de los EE.UU. en la capital. La quema de la Biblioteca Nacional, de los Archivos y de la Biblioteca Coránica vino apenas unas horas después. Todo ocurrió en abril de 2003 y entre los centenares de miles de libros y documentos que se perdieron estaban, por ejemplo, los originales de Averroes o las más antiguas traducciones de Aristoteles al árabe.
Hubiera sido suficiente tal vez, pero hay perfeccionistas a los que no les gusta dejar las cosas a medio hacer. Siguió el saqueo de las excavaciones y luego se pasó a una fase más animada: la caza de escritores, científicos y, en general, cualquiera que pueda poseer algo de ese peligroso atributo que se llama cultura.
El último ha sido Isam Kadhem F. al-Rawi, fundador y presidente de la Iraqi Association of University Lecturers, geólogo en el Departamento de Ciencias de la Tierra de la Universidad de Bagdad.


Un tipo que hablaba con frecuencia de los riesgos del extremismo religioso y que fue asesinado a tiros hace apenas 7 días al salir de su casa. No sé si era bueno, malo o regular. Ni me importa demasiado. En una de sus declaraciones denunciaba la cacería:
"Assassins are targeting Iraqi university professors in a coordinated, liquidation process to force well-known scholars to leave the country and thus hinder the country's reconstruction."
No ha sido el único, sólo el último. En junio de este año se descubrió una lista con 461 nombres de personas que debían ser asesinadas: científicos, ingenieros, periodistas... Ya antes, desde abril de 2003, había sido comprobado el asesinato de unas 200. Añadamos otros tantos desaparecidos y unos miles de exiliados. La aparición de la lista revela que estas muertes no son casuales dentro de la extrema violencia que impera en Iraq sino resultado de una estrategia de profundizar en la destrucción e impedir cualquier recuperación cultural.
Para terminar les comentaré que no tengo espíritu gremial y estas muertes no me parecen mejores ni peores que otras, pero sí me preocupa la pérdida de la memoria. Por ese motivo me conformo hoy con llamar la atención sobre los intentos para barrer un país del mapa y de la historia.

05 noviembre 2006

Jirafas, satélites y arena, mucha arena

En medio del Sahara se encuentra un macizo montañoso llamado Tassili-n-Ajjer (las transcripciones varían). Está en Argelia aunque creo que aquí las fronteras son, más que nunca, entelequias humanas. En los recovecos de este paisaje extraño que se extiende como una franja rocosa de 50 km de anchura a lo largo de 800 km se han catalogado más de 15000 pinturas y grabados, lo que lo convierte en la más importante galería de arte antiguo del mundo. Las más antiguas se han datado en 8000 años (6000 A.C.) y una selección puede verse en Les sites du Sahara central.

El rectángulo encuadra el macizo Tassili-n-Ajjer

Este lugar fue descubierto para Europa por Henri Lhote que hizo su primer viaje al Tassili en 1935 pero no fue hasta la década de los 50 que hizo el primer estudio sistemático de los grabados y pinturas acompañado de fotógrafos y pintores. Podríamos preguntarnos qué hacen todas estas pinturas aquí, en medio de unas rocas perdidas en el mar de arena. La pregunta todavía es más pertinente cuando encontramos que se representa una fauna donde aparecen gacelas, elefantes, avestruces, jirafas... hipopótamos. Además de escenas de caza, bueyes, vacas, carros...


Es obvio que algo ha cambiado y que ese lugar no siempre fue lo que ahora, el centro de la nada. Esta suposición tiene su historia pero hoy sólo les enseñaré la imagen que dió la primera respuesta. El 12 de noviembre de 1981 un sensor bautizado SIR-A despegó a bordo de la lanzadera Columbia. SIR son las siglas de Shuttle Imaging Radar, un radar que estuvo tomando imágenes de la Tierra durante apenas dos días desde 260 km de altura.Algunas de ellas fueron sobre el Sahara:

Imagen tomada del Remote Sensing Tutorial

La parte coloreada es una vista más o menos convencional tomada por el satélite Landsat y muestra en un color bastante saturado el mar de arena que cubre esta enorme zona. La parte central, en tonos grises, está tomada por el SIR-A y descubre lo que la arena oculta. Las microondas (este radar funciona en los 1.275 Ghz) pueden penetrar en la arena incluso más de 5 m siempre que la humedad sea mínima. Esta capacidad de devolver ecos del subsuelo es suficiente para mostrar que, bajo el actual paisaje se esconde una antigua red fluvial. Hubo ríos aquí hace tiempo pero, como al ejército de Cambises, los cubrió el mar de arena hace milenios. En efecto, árboles y pastos cubrieron el Sahara, lo que permitió el poblamiento, la agricultura y la existencia de la fauna representada en las viejas pinturas rupestres.

¿Cuando ocurrió este gran cambio? Algunos trabajos se han ocupado de ello. Uno de ellos habla de un sistema fluvial de unos 800 km de longitud en el Sudeste del Sahara que fluía hacia el Nilo: el Wadi Howar. Restos de fauna típica de sabana permiten decir que este valle era fértil hace menos de 4000 años. Otro menciona que la zona es compleja y en modo alguno homogénea: el Gran Mar de Arena parece existir desde hace al menos 25000 años aunque hay evidencia de arenas aún más antiguas, hasta 86000 años, en la actual Túnez. Otros muestran que hace 9800 años comenzó una época húmeda en Egipto y Sudán que finalizó hace unos 5000-6000 años. Una realidad compleja.

Algunos autores (El-Baz 1998 por ejemplo) dicen que la arena tiene su origen primario en la erosión fluvial sobre las masivas areniscas del Sur en las épocas húmedas. Las arenas han rellenado las depresiones preexistentes que probablemente representaron extensas zonas de agua en los periodos húmedos. El Gran Mar de Arena (72000 km2) a caballo entre Egipto, Libia y Sudán muestra numerosos wadis (valles) secos que discurren desde las montañas de areniscas del Sur (Oweinat y la meseta de Gilf Kebir). Según este autor, el cambio climático descubrió estos sedimentos y los expuso a la erosión eólica. Este segundo efecto, propio de la época más seca, hace intervenir los vientos que en esta zona son preferentemente del NE y que modelan las dunas que hoy conocemos.

Ha sido necesario esperar hasta hace apenas unos meses para que se analice una zona amplia, buscando el diseño de la red fluvial olvidada. Robinson y colegas (2006) lo han hecho sobre una extensa zona del SE de Libia mediante imágenes tomadas por el Radarsat-1 canadiense y han delineado dos grandes cuencas fluviales que se extienden más alla de los 347000 km2 cubiertos por las imágenes. Los autores comparan morfológicamente la gran cuenca con la actual del Río Negro del Amazonas, con la salvedad de que el canal africano era 4 veces más ancho. Los dos paleocauces confluyen en el actual oasis de Kufra, en Libia.


Mapa de la red fluvial oculta por el actual desierto [pulsar para ampliar]

Lo antiguo y lo nuevo se unen otra vez para dar respuestas a viejas preguntas.

Algunas referencias:
El-Baz, F. (1998), Sand accumulation and groundwater in the eastern Sahara, Episodes, 21(3): 147-151.
Haynes, C.V. (2001), Geochronology and climate change of the Pleistocene-Holocene transition in the Darb el Arba'in Desert, Eastern Sahara, Geoarchaeology, 16(1): 119-141.
Mathieu Schuster, M. et al. (2006), The Age of the Sahara Desert, Science
, 311: 821.
Robinson C.A. et al. (2006) , Use of radar data to delineate palaeodrainage leading to the Kufra Oasis in the eastern Sahara, Journal of African Earth Sciences, 44 (2): 229-240.
Williams K.K. y Greeley R. (2001), Radar attenuation by sand: laboratory measurements of radar transmission, IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 39 (11): 2521-2526.



02 noviembre 2006

Una de romanos

Pequeña historia de una excursión arqueológica

Ayer fuimos a conocer un dolmen que está apenas a media hora de coche de donde vivimos. La experiencia fue de pesadilla. Las más o menos venerables piedras (unos pocos miles de años) rodeadas de coches, mesas plegables, adolescentes en plena berrea, no tan adolescentes con motos de dos y cuatro ruedas... Por ese motivo no les voy ni a mencionar el pueblo porque no se merecen ninguna promoción.
La publicidad nunca fue buena para los restos arqueológicos, al menos en un país como el nuestro, analfabeto funcional, donde las paredes de la Universidad Cisneriana, fundada en 1499, aparecen de vez en cuando pintadas con lo que ahora se ha venido en llamar arte urbano.
En fin, para resarcirme les voy a contar una menos conocida y que deja mejor sabor de boca. Saben que Mérida es el nombre moderno de Emérita Augusta, una ciudad fundada por orden de Octavio Augusto hace 2031 años para acoger a los veteranos de las legiones romanas, retirados tras las Guerras Cántabras.
En estos tiempos, Mérida sigue recibiendo muchos turistas atraidos por los monumentos y restos que las guerras o el simple vandalismo han dejado sobrevivir. Pero el viajero curioso puede encontrarse con algunas sorpresas si se sale del circuito oficial. La foto de abajo corresponde con las afueras de la ciudad y puede observarse como sobresalen de los campos unas formaciones claramente artificiales.


De cerca podríamos ver que son como brocales de poco tapados con una gran piedra, a veces cuadrada, otras veces circular. Algunas de ellas están desplazadas y entonces podemos asomarnos a ver si desvelamos la naturaleza de estas construcciones. Abajo lo tienen: un pozo formado por piedras de buena factura y al fondo agua. Pero no estancada sino corriente, una lámina de agua de unos centímetros que circula a 3 o 4 m bajo la superficie del terreno.


Estos pozos pueden seguirse durante un largo rato según nos alejamos de la ciudad. A unos 4 km encontramos una estructura algo diferente.

A la izquierda aparece el brocal del pozo de turno, algo mayor que los vistos hasta ahora, unos 60 desde que iniciamos la marcha. A la derecha encontramos algo distinto: el hueco del suelo da acceso a una escalera. Una docena de grandes escalones nos llevan hasta el pozo.

Y aquí, finalmente, descubrimos el misterio (¡qué gran programa podría hacer alguno sustituyendo "romano" por "atlante" o algo así!): los pozos son respiraderos de un canal subterráneo que recorre varios km llevando agua hacia la ciudad.

Estos canales (hay varios) están perfectamente conservados. El de la foto mide unos 70 cm de ancho y unos 170 cm de alto, algo incómodo de recorrer si el camino es largo. Formaban parte de un complejo sistema de abastecimiento de agua potable que servía a la Emérita Augusta. Esta ciudad recibía agua de dos embalses importantes: Cornalvo y Proserpina, ambos aún conservados, mediante canales y acueductos. Pero también se trazó un árbol de canales subterráneos que, además de conductores, eran captadores: el agua se filtraba a través de la obra y poco a poco el caudal creciente era conducido a cisternas y pozos de decantación antes de ser distribuida a la población. Estos canales aún funcionan (las fotos están tomadas en época de sequía) y fueron construidos justo al lado o por debajo de los riachuelos de la zona.
Lamentablemente, en Mérida sólo se ha conservado intacto lo que se desconoce. Otro día hablaremos de algunas barbaridades cometidas desde las propias administraciones pero, por hoy, quedémonos con la sensación de haber conocido un lugar que ha sido poco visitado en los últimos dos mil años.
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