03 marzo 2010

Un paso más en la lucha contra la tuberculosis

Ya saben que me gusta comentar aquí resultados realmente prometedores en el campo médico aunque de vez en cuando haya que dar también malas noticias. El caso de hoy es de los buenos y nos sirve para repasar los hechos básicos de una enfermedad que sí es una pandemia.
Sabemos que un tercio de la población mundial está infectada con tuberculosis pero la enfermedad sólo se manifestará si las bacterias consiguen multiplicarse, algo que ocurre cuando el sistema inmunológico pierde forma por cualquier causa. El resultado es que entre un 5 y un 10% de esas personas desarrollarán la enfermedad en algún momento de su vida, lo cual se traduce finalmente en casi dos millones de muertes al año (que se sepa 1.8 millones registradas en 2007, 4900 muertes de media al día).

 La bacteria de la tuberculosis (en amarillo). Tomada de Flickr.

Existen cuatro medicamentos convencionales eficaces contra la enfermedad pero si se administran mal o si se abandona el tratamiento antes de tiempo se facilita que aparezca la llamada tuberculosis multirresistente. Contra ésta ya hay que usar los llamados medicamentos de "segunda generación", más caros y con más efectos secundarios. Si estos otros medicamentos se siguen administrando mal puede aparecer, por si fuera poco, una variante denominada "extremadamente fármacorresistente" cuyo tratamiento ya es casi imposible. La aparición de cepas resistentes hace más necesaria aún la investigación sobre las bases de la infección para descubrir nuevas formas de atajar la enfermedad.
Eso es justamente lo que han publicado hace unos días en los PNAS:
Blair R. G. Gordon, et al. 2010, Lsr2 is a nucleoid-associated protein that targets AT-rich sequences and virulence genes in Mycobacterium tuberculosis. PNAS, published online (acceso libre).
En este artículo de título indescifrable se comunica que se han conseguido dos cosas: la primera ha sido identificar un mecanismo mediante el cual la bacteria de la tuberculosis evita el sistema inmunológico; la segunda fue localizar un compuesto que bloquea la capacidad de la bacteria para sobrevivir en el huésped.
Ambos descubrimientos son muy importantes porque suponen abrir caminos nuevos no sólo en la comprensión de la enfermedad sino en la búsqueda de nuevas formas de combatirla. Lamentablemente, estas investigaciones, si se demuestran válidas, tardarán años en reflejarse en tratamientos reales. A pesar de estos retrasos no hay más remedio, aunque las espectativas sean lejanas, que ir por delante del desarrollo de resistencias en las bacterias porque, muy probablemente, esas resistencias aparecerán más temprano que tarde. Cosas de la evolución y de la presión selectiva que algunos dicen que no existen.

01 marzo 2010

Avatar

Los vaishnavas consideran a Dios como una persona. Creen que él, al que llaman Vishnú, se manifiesta en la Tierra mediante avatares, es decir, encarnaciones en forma humana.
Los dos grandes avatares de Vishnú han sido Krishna y Râma Chandra. Estos vivieron en una antigüedad muy lejana aunque algunos de sus fieles dudan que hayan tenido realmente una existencia histórica.
Au coeur des Himalayas, de Alexandra David-Neel, 1949.
Este es el origen de la palabra avatar, hoy rescatada del olvido por una película. No me resisto a escribir la curiosa y realista justificación de un presunto avatar reciente llamado Chaitanya que le contaron a Alexandra David-Neel:
Dios está lejos de nosotros. Râma y sobre todo el amable y tierno Krishna están más cerca. En cuanto a Chaitanya no puede plantearse ninguna duda respecto a su realidad. Él vivió, sabemos dónde y cómo. Es Dios pero al mismo tiempo es hombre, como nosotros. Amándole puede, pues, satisfacerse nuestra sed de amor a Dios.
Alexandra David-Neel fue la primera mujer europea que consiguió visitar Lhassa, allá por 1924. El libro citado narra su viaje por Nepal en el invierno de 1912. Murió en 1969 a los 101 años de edad.

25 febrero 2010

Lluvias, inundaciones y embalses

Llueve en España desde hace semanas. Enero ha recogido una media de 95 litros por metro cuadrado, lo cual puede parecer modesto pero es un 45% más de la media 1970-2000. Esa media también oculta la variabilidad sobre el territorio porque un porcentaje relevante del mismo ha recibido más del doble de la media mientras que en algunas zonas como Cataluña y Galicia ha llovido entre un 50 y un 75% de lo normal.
Las consecuencias han sido buenas y malas. Sobre las últimas hay que mencionar amplias zonas inundadas en el Sur, con graves daños en las propiedades aunque sin afortunadamente sin muertes. Y digo "afortunadamente" con intención porque en España se ha ignorado que los ríos crecen de vez en cuando y se ha construído en "zona inundable" desde hace décadas. Misterios del urbanismo actual, supongo.
Las buenas consecuencias son que con estas lluvias se cierra un periodo irregular, con altibajos, pero durante el cual las reservas en los embalses iban disminuyendo poco a poco, incluyendo alarmas de desabastecimiento como la de Barcelona de hace tres o cuatro años.


Esta imagen muestra parte del embalse de Orellana, en Extremadura (España). Las aguas profundas aparecen negras, las someras en verde, la vegetación en rojo y las zonas sin ella en azul. Pulsar encima para ampliar.

En Extremadura están los mayores embalses de España, dedicados a regadío, suministro de agua a la población y generación hidroeléctrica. La capacidad máxima del sistema es de 7723 hectómetros cúbicos, de los cuales 3219 corresponden al embalse de La Serena y 1505 al de García Sola. En total hay 20 embalses con capacidades entre las mencionadas antes y los 3.3 hm3 de Cornalbo, del que se conserva el muro de origen romano.
Estos días unos amigos me están enviando las cantidades de agua que están entrando en todos ellos, datos que creo son de interés. Hay que recordar que después de un periodo de sequía, las primeras lluvias quedan retenidas en el suelo que, si las precipitaciones persisten puede llegar a saturarse. La llegada de agua a los embalses se efectúa con una inercia de días, tanto al comienzo como al final. Ahora estamos en una situación de saturación y probablemente todo lo que llueve acaba llegando a los vasos. Así se explica que, de un día a otro, la cantidad de agua embalsada crezca alrededor de un 2% en los grandes sisremas ya que los menores están ya al 100% o más. Y ya, por fin, los datos.
En la primera columna tienen los nombres y en la segunda la capacidad máxima en hm3. A continuación están los porcentajes de ocupación en sólo dos fechas (mañana les pondré una tabla más completa). Fíjense que en el primero de octubre Cíjara estaba solamente al 25% mientras que hoy supera el 95%. 



EMBALSES  CMAX 01/10/2009 25/02/2010
E2-01 Cijara 1505.2 24.7 95.5
E2-03 Garcia Sola 554.2 31.4 93.6
E2-04 Orellana 807.9 67.4 93.9
Total Guadiana: 2867.3 38.0 94.7
E2-06 La Serena 3219.2 36.0 77.9
E2-07 Zujar 301.9 75.6 71.5
Total Zujar: 3521.1 39.4 77.4
E2-08 Cancho Fresno 15.2 52.5 101.2
E2-09 Ruecas 41.9 68.2 101.3
E2-11 Sierra Brava 232.4 48.1 100.9
E2-12 Gargaligas 21.3 54.3 101.0
E2-13 Cubilar 6.0 52.0 102.8
Total Ruecas: 316.9 51.5 101.0
E2-15 Los Molinos 33.7 86.1 103.5
E2-16 Alange 851.7 20.9 54.8
Total Matachel: 885.4 23.3 56.7
E2-20 Hornotejero 24.4 68.3 96.8
E2-21 Boqueron 5.5 68.8 102.2
E2-22 Canchales 25.9 38.1 122.7
Total Lácara: 55.8 54.4 109.3
E2-17 Cornalbo 3.1 18.5 107.0
E2-18 Proserpina 5.0 58.1 93.7
E2-19 Montijo 11.2 100.0 76.1
E2-24 Villar_del_Rey 130.0 50.2 96.1
E2-28 Tentudía 5.0 39.8 100.6
TOTAL GENERAL: 7723.5 37.8 82.8

El balance es que desde un 38% general hace menos de 5 meses hemos llegado a un 83% hoy lo cual garantiza el abastecimiento para al menos tres años. Salvo en Alange, que aún está bajo, el resto de grandes presas comienza a aliviar como medida preventiva por lo que no será fácil que se llenen mucho más. Las menores ya liberan agua desde hace días porque están llenas.

Actualización a 1 de marzo: los embalses del Guadiana y del sistema Lácara deben estar aliviando ya que han bajado del 94.7 al 89.9 en en primer caso y del 109.3 al 105.5 en el segundo. Alange ha subido un 3% aunque sigue siendo el embalse más bajo del conjunto.

16 febrero 2010

Algunos datos geográficos públicos en el CNIG español

El Centro Nacional de Información Geográfica (España) ha creado un portal para la descarga gratuita de datos geográficos, algo que se había anunciado hace tiempo pero que no se había hecho realidad. La información disponible está sujeta a dos tipos de licencia y es la siguiente:
  • EGRN (Equipamiento Geográfico de Referencia Nacional), libre y sin restricciones aunque es necesario mencionar al Instituto Geográfico Nacional como propietario de los datos:
    • coordenadas de vértices geodésicos de la ROI (Red de Orden Inferior) en formato PDF.
    • cuadrículas cartográficas (límites de los mapas) de las series MTN25 y MTN50 (shapefile).
    • líneas límite de los municipios españoles (shapefile).
  • Otros materiales con licencia de uso no comercial:
    • ortoimágenes del PNOA (Plan Nacional de Ortofotografía Aérea) en formato ECW.
    • mapas escaneadosde las series MTN25, MTN50 y BCN200 en formato TIF.
Por mi parte, aplaudo la iniciativa aunque hay cosas que me dejan algo desconcertado:
  • los vértices geodésicos están en formato PDF ¿por qué no en una hoja de cálculo o, simplemente, en un fichero de texto para facilitar su uso?
  • los mapas escaneados MTN25 y MTN50 estén referidos al datum ED50 (antiguo) y las ortoimágenes a las hojas MTN50 en el datum oficial ETRS89, con lo que resultan incompatibles. Es cierto que las series MTN se hicieron cuando el ED50 era el datum oficial pero, tras tres años desde el Decreto del cambio, pensaba que se podrían haber transformado al ETRS89 y suministrar así información actualizada y útil al 100%.
  • las líneas límite de municipio son eso, líneas, no polígonos. La información sobre el nombre de los municipios o sus códigos de nomenclátor esta integrada de un modo un tanto exótico: como atributos de las líneas. Esa información, lamentablemente, no es fácilmente recuperable a la hora de procesar las líneas para restaurar la topología de polígonos (que es lo suyo).
En cualquier caso, bienvenida sea esta posibilidad de descarga y esperemos que rápidamente se vaya sumando más información útil y compatible una con la otra. Valga lo anterior como sugerencia de futuras mejoras que todos veríamos con buenos ojos. Por dar un par de ideas más: 1) incluir metadatos de incertidumbre o al menos de escala en los límites municipales y 2) hacer que las búsquedas por topónimos admitan tildes.
Un proceso posible para asignar atributos a los municipios es usar las líneas suministradas aquí, crear la topología de polígonos y "absorber" la información de una capa similar existente en Global Administrative Areas, algo peor en el trazado de las líneas pero con atributos asignados a los municipios.

Teatro y anfiteatro romanos en Mérida segón el PNOA

Para finalizar, una pregunta al respetable sobre las licencias de uso. La primera parece equivalente a Creative Commons Attribution y la segunda a CC Attribution - Non commercial. ¿Estoy equivocado y hay alguna diferencia que se me escapa? Lo pregunto porque me gustaría ver esos iconos cada vez más en las páginas de la Administración.

07 febrero 2010

El color de los dinosaurios

Una de las novedades paleontológicas más interesantes de los últimos años ha sido, al menos para mí, la confirmación de que muchos dinosaurios tenían plumas, incluidos algunos raptores (recuerden Parque Jurásico). Son plumas de tipo diverso, desde "protoplumas" filamentosas, no ramificadas, hasta plumas complejas muy similares a las de las aves actuales.

Los primeros con protoplumas fueron descritos en 1996 (Sinosauropteryx prima) y desde entonces no han parado de aparecer, incluyendo algunos grupos de dinosaurios lejanos a las aves. Para el que quiera saber más de esto le recomiendo el estupendo blog del Paleofreak (busca por "plumas" y aparece una buena cantidad de material).  La novedad en las últimas semanas ha sido que se ha podido deducir el color de algunos de ellos. ¿Cómo es posible esto si no queda resto alguno de pigmento en la fosilización?

La palabra clave es "melanosoma", un orgánulo celular que contiene melanina, el pigmento más común en la piel, pelo y ojos de los animales. Resulta que en condiciones muy favorables de fosilización la estructura de los melanosomas de los dinosaurios se puede conservar lo suficientemente bien como para ser analizada mediante el microscopio electrónico. Dado que los melanosomas están presentes en las plumas de las aves actuales y que su estructura varía con el color que representan, cabe compararlos morfológicamente y deducir el aspecto de los dinos de hace más de 100 millones de años.

Este descubrimiento se debió a la perspicacia de Jakob Vinther, que se dió cuenta que las estructuras que se observaban no eran bacterias, como se había propuesto hasta ese momento, sino otra cosa muy diferente. Vinther aplicó su intuición a plumas fósiles no "dinosáuricas" en un trabajo del año 2008 titulado The colour of fossil feathers (acceso libre) al que no se le dió la debida publicidad. Los posteriores trabajos pudieron hacerse gracias a las excepcionales condiciones de conservación de algunos yacimientos como los de Liaoning, donde se han descubierto cientos de fósiles de todo tipo, muchos de ellos de dinosaurios más o menos emplumados.

Los primeros resultados se publicaron en Nature hace 10 días con el título Fossilized melanosomes and the colour of Cretaceous dinosaurs and birds. Los autores concluyeron que la cola del pequeño dinosaurio Sinosauropteryx estaba coloreada en tonos blancos y castaños, más o menos así (de lo que no es cola, ni se sabe):

Ilustración de James Robins

Las últimas noticias, de hace solo tres días, se refieren a Anchiornis huxleyi y se publicaron bajo el título Plumage Color Patterns of an Extinct Dinosaur. En este caso, aunque el equipo es amplio, incluido Vinther, la principal artífice parece haber sido la paleontóloga Julia Clarke, una profesora de la Universidad de Texas, que "mapeó" los colores y su distribución en el dino completo, de cabeza a cola. Esta especie era del tamaño de una gallina y vivió hace unos 155 millones de años. La recreación artística es así:

Ilustración de Michael Digeorgio

En resumen, algunos colores de los dinosaurios pueden, con suerte y bastante trabajo, deducirse de la morfología de los melanosomas que se han conservado en casos especialmente favorables de fosilización. Los melanosomas sólo aparecen en plumas o en protoplumas por lo que el aspecto de los dinosaurios implumes seguirá siendo desconocido. Los melanosomas descubiertos muestran tonos de blanco a negro y rojizo exclusivamente. Creo que no pueden presentar más colores que estas gamas de grises y amarillos a naranja-rojizo. Para encontrar azules, verdes o colores debidos a otros posibles pigmentos habrá que desarrollar métodos diferentes si ello fuera posible.

Personalmente creo que es mucho más importante haber confirmado la existencia de plumas con varias formas de transición en su complejidad que poder decodificar los colores pero hay que reconocer que esto último nos acerca mucho más a los míticos bichos, es como iluminar una escena que hasta ahora estaba sólo en penumbra.

05 febrero 2010

El poder curativo de la oración

Jeffrey Beagley y Marci Rae son dos imbéciles. Eso, en principio, no sería necesariamente noticia pero los distingue a consecuencia de su imbecilidad su hijo de 16 años murió. Una muerte evitable y esencialmente deliberada. Mientras que la gente normal lleva a su hijo a un centro sanitario cuando hay problemas de salud, esta pareja de Oregón prefirió rezar para conseguir curar la enfermedad del suyo negándose a hospitalizarlo.


La historia comenzó el 30 de marzo de 2008, cuando una llamada anónima a una institución de servicios sociales avisó de que un chico llamado Neil Beagley tenía grandes dificultades para respirar y podía morir si no lo atendían rápidamente. Un empleado acudió a la casa de los Beagley y al cabo de un par de días consiguió ver al chico que, postrado en una mecedora, le dijo que no quería ir al médico. Neil Beagley siguió enfermo y sin tratamiento médico durante semanas hasta que el 17 de junio murió por una afección urinaria no diagnosticada ni, por supuesto, tratada.    
Sus padres pertenecen a la Iglesia de los Seguidores de Cristo, una secta evangélica arraigada en Oregón que rechaza la medicina y usa métodos alternativos bastante más "espirituales" como la oración y la imposición de manos. Los resultados de semejantes majaderías se han hecho evidentes.
El juicio ha terminado y los padres han sido encontrados culpables de homicidio por negligencia criminal. Este delito podría suponer hasta 10 años de cárcel pero, al no tener antecedentes penales, se espera una pena máxima de 18 meses. La sentencia se hará pública el próximo día 18 de febrero.
Buscando información, encontré un comentario en OregonLive.com que da escalofríos:
Estos son los primeros miembros de los Seguidores de Cristo convictos de homicidio en una congregación con una larga historia de niños muertos por enfermedades médicamente tratables. 
Y es que, en efecto, el caso no es único. En febrero de 2008 Ava Worthington tenía apenas un año y medio de edad y se puso enferma. Sus padres, Carl and Raylene, se negaron a darle tratamiento médico sosteniendo que la oración era lo único necesario para curar a su hija. El resultado fue que Ava murió el 2 de marzo por una neumonía bacteriana tratable con antibióticos. El padre fue condenado a dos meses de cárcel y un periodo de cinco años de libertad condicional. A pesar de su siniestro logro no han dudado en abrir una web defendiendo su derecho constitucional a la libertad religiosa (y, se supone, a dejar morir a sus hijos si llega el caso). Estos tipos eran, al igual que los primeros, miembros de la Iglesia de los Seguidores de Cristo de Oregón.
Muy probablemente la verdad es aún mucho más dura ya que se sospecha que unos veinticinco niños murieron en los últimos diez años de dolencias tratables, "algunos en circunstancias atroces". En este artículo se mencionan algunos casos más con nombres propios: Alex Dale Morris, de cuatro años, o Bo Phillips, de once.
Y no hemos terminado ya que he encontrado algunos artículos que hacen una revisión de estas muertes debidas al fanatismo religioso. Pero hoy es tarde y escribir esto me ha dejado sin ganas de seguir leyendo. Buenas noches.
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